在反對濱南案的過程中，反濱南陣營除了以具體的論述，揭穿其扭曲社會公平競爭機制、破壞生態平衡、犧牲漁民生存權與跨世代公平使用水資源的事實外，也以在現實中落實永續發展作為目標，主張以七股潟湖為核心，將台17線以西的七股地區，規劃開發成兼具觀光、休閒、文化、教育與自然生態保護功能的「七股潟湖風景特定區」，作為帶動地方長期繁榮與增加就業機會的替代方案。同時，為了豐富七股潟湖風景特定區的內涵，帶動沿海地區各鄉鎮的發展，我們也主張以臨近的佳里鎮、西港鄉、將軍鄉、學甲鎮、北門鄉與麻豆鎮等鄉鎮所擁有的文化、生態與產業資源作為腹地，建立系列的生態與人文據點，進行連線規劃與網路建設，利用帶狀的發展策略，吸引更多的人潮。
2001年8月1日，投入縣長選戰的蘇煥智推出第一波文宣：《蘇煥智版的台南濱海國家風景區》，以台17線以西，北自八掌溪南至曾文溪為範圍，規劃為國家風景區，結合保育與觀光，替代高污染、高耗水的七輕煉油廠與大煉鋼廠，並以一年創造一百億以上的收益，增加三萬個以上的就業機會為訴求，計畫在風景特定區內成立海洋博物館、鹽業博物館、渡假村、景觀藝術大橋、遊艇碼頭、聯外道路、生態遊憩區以及各項設施，至少將帶來八百億以上的投資額，而且能永久保存台南的自然資源。
《蘇煥智版的台南濱海國家風景區》以沿海三個鄉鎮為範圍，內容包括北門鄉的「雙春海濱遊樂區」、「急水溪親水遊憩區」、「南鯤鯓宗教文化園區」、「北門鹽場鹽業體驗區」與「北門潟湖生態旅遊區」、將軍鄉的「馬沙溝海濱遊樂區」與「將軍漁港遊憩經貿綜合區」、七股鄉的「鹽業文化博物館園區」、「七股潟湖生態旅遊暨水上遊樂區」、「海洋生物博物館」、「黑面琵鷺生態保育園區」、「曾文溪河濱生態休閒綠帶」、「曾文溪西濱景觀大橋」與「台南大學城」等計畫。
12月1日，蘇煥智以274,086票當選第十四屆台南縣縣長。當選後的蘇煥智如何實踐理想、兌現承諾不僅台南縣民在看，當時投入反濱南運動的朋友更是睜大眼睛在看。
2005年12月3日，蘇煥智競選連任成功。期間，我陪了蘇煥智跑了十天的行程，是投入九二一災後重建六年以來，第一次近距離接觸自己的故鄉，體會故鄉脫胎換骨的契機，看到了蘇煥智為實際理想而作的努力與面對的挑戰，也看到環繞在這個故事週遭的環境變遷，以及反對濱南案過程中所擔心的問題浮現！
一、黑面琵鷺保護區 範圍敲定了
黑面琵鷺保育工作受到重視，與七股工業區開發計畫區位恰巧與黑面琵鷺主要棲息地重疊有相當大的關聯，而當時發生的槍擊事件更引發國際社會的關切，丁文輝、翁義聰、郭忠誠與郭東輝等人更進一步提出「劃設黑面琵鷺過冬保護區」的建議。
1992年7月1日，農委會依據《野生動物保育法》公告黑面琵鷺為瀕臨絕種保育類野生動物，但對於黑面琵鷺棲息環境與保護區的劃設，在往後的數年間，卻呈現各級政府與民意機關都有「應該劃設保護區」的共識、但難以定案的狀態。
過程中，保育團體建議的棲息環境與保護區劃設範圍相較於台南縣政府與七股鄉公所的版本，少了新浮崙汕及曾文溪北岸高灘地，多出了台南師範學院預定地及西濱快速道路以西、主棲地以西的縣有東漁塭區部分，其中，東漁塭區部分是爭議的焦點，保育團體認為東漁塭區是黑面琵鷺主要覓食區，縣政府則基於東漁塭區承租漁民的壓力，拒絕將東漁塭區納入範圍。至於，新浮崙汕及曾文溪北岸高灘地則因非黑面琵鷺主要覓食區，爭議不大。
20002年1月9日，甫就任縣長的蘇煥智即著手處理這個燙手的問題，提出新版的棲息環境與保護區劃設計畫，將新浮崙汕及曾文溪北岸高灘地排除在外，納入保育團體主張的東漁塭區，而棲息環境與保護區範圍則由保育團體主張的1,200公頃，減少為634公頃。此一新版計畫獲得農委會、學者與保育團體的認同，也使得爭議多年的保護區劃定問題終於塵埃落定。
1月14日，農委會野生動物諮詢委員會原則同意台南縣政府提案，並授權農委會就台南縣政府修正後的保育計畫書予以審核後，函請台南縣政府公告。
10月14日，農委會公告「台南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境」，其公告範圍以七股新舊海堤內的縣有地為主，北以舊堤堤頂線上為界定，南至河川水道治理計畫用地範圍線以內，東以台南師範學院預定地界址樁為界線，西為海堤區域線以內（含水防道路），含四號（原一號）、一號（原二號）及二號（原三號）水門。面積634.4344公頃。
11月1日，台南縣政府公告曾文溪口北岸海埔地為黑面琵鷺保護區。面積300公頃。
為了避免衝擊東漁塭區的漁民權益，台南縣政府讓原佔墾漁民可重新辦理登記承租，以落實合法契約關係，放棄耕作者可將土地釋回縣政府，由縣府經營管理。部分養殖戶因轉任「黑面琵鷺巡守隊」工作，變成保育黑面琵鷺的前鋒。
在棲息環境與保護區範圍設定後，台南縣政府也著手推動一系列的工作：提升旅遊品質、營造棲地環境與加強生態研究等。期間，雖有發生在2002年12月的黑面琵鷺肉毒桿菌毒素中毒事件，造成73隻黑面琵鷺的死亡，但也促成縣政府加強黑面琵鷺渡冬期間的安全維護措施。
（一）提升旅遊品質
台南縣政府為了提升生態旅遊品質，從提供優質解說服務與改善道路交通系統切入：闢建四座生態式賞鳥亭、延長與拓寬173號縣道、興建隱蔽式公園停車場、爭取興建「黑面琵鷺保育管理中心」。其中，賞鳥亭在完工後，於2004年8月委託給台南縣黑面琵鷺保育學會、台南縣野鳥學會、台南縣黑琵家族野鳥學會等保育團體認養，提供生態解說服務。
2005年11月28日，黑面琵鷺保育管理中心舉行揭牌典禮。待「黑面琵鷺研究中心」完成後，這兩個中心將負起七股地區生態保育、教育、展示及旅遊服務等責任。
（二）營造棲地環境
台南縣政府在公告黑面琵鷺保護區後，成立黑面琵鷺保護區巡守隊，負責保護區及週邊的安全維護，2002年12月黑面琵鷺中毒事件後，巡守隊員也由6名增加到16名。除了棲地安全的巡守外，改善棲地水質、增加棲地魚群總量，也都成為避免再度發生中毒事件的重要工作。
（三）加強生態研究
在農委會與台南縣政府的支持下，已執行數十項與黑面琵鷺有關的生態研究，包括棲地環境調查與監測、黑面琵鷺基礎資料記錄與分析、保護區管理與維護等，為黑面琵鷺生存環境提供施政與管理上的依據。
二、從南瀛到雲嘉南 風景區成立
蘇煥智在就職後，隨即指示撰寫《南瀛國家風景區資源說明書》，並於2001年12月25日函請交通部觀光局依《發展觀光條例》與《風景特定區管理條例》，將台南縣北門鄉、將軍鄉與七股鄉沿海地區劃設為海岸型國家級風景特定區。
2002年3月27日，上任不久的游錫堃院長發表行政院九十二年度施政方針，宣布以挑戰二○○八做為施政目標，研議一項為期六年，包含經濟、人文與生活三個面向的國家總體建設計畫，以積極開創台灣在世界舞台上的新定位。
台南縣政府在獲悉行政院的施政方向後，即將《南瀛國家風景區資源說明書》提送交通部觀光局，爭取納入《挑戰二○○八：國家發展重點計畫》，表達申設國家風景區的強烈企圖。
這項以《挑戰2008：國家發展重點計畫》為名稱的施政計畫經5月28日行政院第2785次院會通過，並於5月31日核定。《挑戰2008：國家發展重點計畫》共有十項計畫，其中一項攸關七股命運的《觀光客倍增計畫》，將「雲嘉南濱海旅遊線」納入「開發新興套裝旅遊路線及新景點」中，準備建設雲嘉南濱海地區成為新興的國際級觀光帶，藉以帶動地方鹽田、養殖產業轉型發展成產業觀光及生態觀光，創造就業機會，維繫地方社經發展。
7月10日，交通部所提《觀光客倍增計畫》經行政院核定，「雲嘉南濱海風景區」的劃定與規劃正式納入《挑戰2008：國家發展重點計畫》。
8月22日，陳水扁總統視察台南縣濱海地區，參觀將軍漁港與七股潟湖等濱海景點，除表態支持南瀛濱海國家風景區計畫外，並宣示將儘速成立「雲嘉南濱海國家風景區」籌備處。
9月2日，台南縣政府率先成立「南瀛濱海國家風景區推動委員會」，由縣長室秘書陳俊安擔任首任執行長，籌備處於9月底進駐七股台鹽閒置辦公室，成為濱海地區第一個成立專責組織的縣市。
2003年8月6日，雲嘉南濱海風景區經觀光局評鑑小組評鑑為「國家級風景區」。
11月21日，行政院公告核定「雲嘉南濱海國家風景區」的範圍。雲嘉南濱海國家風景區北起雲林縣牛挑灣溪，南至台南市鹽水溪，東以台17線為界，西至海岸線向西到海底等深線二十公尺處。陸域面積33,413公頃，海域面積50,636公頃，合計84,049公頃。區內的遊憩據點依其所在地點、資源特性與活動類型，區分為「雲嘉」、「南瀛」與「台江」三大系統。其中，雲嘉系統位於本區北段的嘉義、雲林兩縣境內，旅遊重點以外海離岸沙洲特殊地理景觀、漁港、濕地及歷史悠久的廟宇為主軸。南瀛系統位於本區中段台南縣境內，景點較具多樣性，包括潟湖及沙洲等地理景觀、黑面琵鷺及紅樹林生態系等生態景觀、鹽田產業、廟宇及濱海遊憩據點。台江系統則位於本區最南段的台南市安南區，遊憩活動以四草地區的古蹟遺址參觀與生態觀賞為主。
位於台南縣的南瀛系統，北起八掌溪，南至曾文溪，範圍包含北門鄉、將軍鄉與七股鄉，區分為「北門次系統」、「七股次系統」與「黑琵次系統」。其中，北門次系統包括雙春濱海遊憩區、海濤濱海渡假區、蚵寮漁村體驗區、北門鹽場遊客中心、井仔腳瓦盤景觀區、東隆宮宗教文化區、蘆竹溝飛行遊憩區、北門潟湖景觀區；七股次系統包括馬沙溝濱海遊憩區、將軍港灣遊憩區、青鯤鯓扇鹽遊憩區、鹽山遊客中心、七股潟湖景觀區及藍色公路、網仔寮汕遊憩區、紅樹林生態教育園；黑琵次系統包括黑琵國寶特賞區、黑琵遊客中心、正王府濱海景觀區、頂頭額汕踏浪區、六孔赤嘴仔遊憩區。
12月24日，交通部觀光局轄屬第12個國家風景區－雲嘉南濱海國家風景區，在陳水扁總統主持下正式掛牌成立，管理處設於台南縣北門鹽場，處長由觀光局澎湖國家風景區管理處副處長洪東濤出任。
至此，長久以來一直處於台灣邊陲的雲嘉南濱海地區將依據《雲嘉南濱海觀光發展計畫》，正式進入以觀光遊憩為發展主軸的新階段。
反對濱南案所提的替代方案（七股潟湖風景特定區）終於實現，中央政府甚至把我們畫的餅變大了：從「台南濱海」到「雲嘉南濱海」！
（一）管理處落腳北門
鹽田是台南縣頗具特色的產業景觀，也是一個具有土地拓荒背景的人文景觀，特別在台灣鹽業沒落，鹽田面積日益減少之際，台南縣仍然擁有北門與七股兩大鹽場，更顯現其獨特性與可貴性。
台灣鹽業的發展開始於明朝永曆十九年（1665年），由鄭經的參軍陳永華在瀨口（現今台南市西南郊鹽埕一帶）開闢「瀨口鹽場（瀨北場）」；到了清康熙二十三年（1684元），台灣府知事蔣毓英又在現今台南縣永康鄉鹽行村洲仔尾一帶開闢「洲仔尾鹽埕」，並以新港溪（現今鹽水溪）為界劃分成「洲南場」與「洲北場」；清乾隆二十一年（1756年）又在高雄增闢「瀨南場」、「瀨西場」與「瀨東場」。
這六個鹽場的原址歷經水災的摧殘，或合併或遷移；其中，位於洲仔尾的「洲北場」在清乾隆五十三年（1788年）因水災改遷到安定里（現今七股鄉公所南邊的鹽埕地），而「洲南場」也在清道光五年（1825年）遷往嘉義縣的布袋嘴；清道光二十五年（1845年），安定里的「洲北場」又毀於水災，三年後再遷往北門鄉舊埕一帶。至於，位在現今高雄縣彌陀的「瀨西場」則在清咸豐七年（1857年）遷往、並併入「瀨南場」，而「瀨南場」也於1914年，因高雄港與都市發展而廢棄；另一個位在現今高雄市小港區的「瀨東場」則在清嘉慶五年（1800年）遷往現今佳里鎮龍安里外渡頭的「大田場」，清嘉慶二十三年（1818年）再遷往現今北門鄉永華村的「井子腳」。
1895年日本佔領台灣後，即行廢止鹽的專賣制度，完全開放自由產售，對鹽業不加管理，鹽田因而日漸荒蕪，到了1898年，由於日本本土缺鹽，因而再度實施鹽的專賣制度，並且制定鹽田開鑿補助辦法，積極鼓勵鹽民修復鹽田，開闢新鹽場；其中，北門鹽場的蚵寮鹽田與王爺港鹽田，以及七股鹽場都是在這個時空條件下開闢出來的。
北門鹽場開發期較早，曬鹽場區大抵上是屬於瓦盤鹽灘，這些鹽灘在台鹽停止曬鹽後就處於閒置狀態，但因許多瓦盤鹽灘仍保持得相當完整，形成相當特殊的景觀。此外，具有日式風格的「北門鹽場辦公室區」與「洗滌鹽工場區」建築群，也與新建的場務辦公室形成強烈對比，加上場區位置交通便利，具有再利用的意義與價值。
2002年底，剛成立的南瀛濱海國家風景區推動委員會，就開始著手清理閒置荒蕪的北門鹽場，計畫做為區域型的旅遊服務中心。2003年，台南縣政府投入500萬元進行初步整修，直到雲嘉南濱海國家風景區確定設立後，台南縣政府即向交通部觀光局建議將雲嘉南濱海國家風景區管理處設置在北門鹽場。
2003年5月8日，觀光局蘇成田局長現勘北門鹽場，初步認同管理處設置在北門鹽場的適當性，包括區位、空間與可立即使用。
7月17日，台南縣政府在北門鄉舉辦「北門鹽場閒置空間再利用說明會」，明確與地方民眾溝通爭取設置風景區管理處的構想，獲得民眾的支持。
12月24日，雲嘉南濱海國家風景區成立，管理處設於台南縣北門鹽場。
爭取設置管理處的努力，終於獲得成果！
（二）鹽業文化新風貌
1934年日本國內化學工業日益發展，工業用鹽需求量日鉅，加上日本人對台灣所產的工業用鹽甚感興趣，於是派員到台查勘，經評選擇定七股鄉下山仔寮附近三千八百多甲的土地，並訂定分期開發辦法；第一期工程計畫面積為393甲，大部份為海灘地，原訂三年完工，但因工程進度不順，延至1938年四月才完成，總計開闢面積為363甲，稱為七股台鹽區，因為它比鄰側的南鹽區較早開闢，又稱為舊台鹽。
七股鹽田第一期工程完工後，日本政府因二次世界大戰擴大，需鹽恐急，為擴充產能，於是在1938年六月成立南日本製鹽株式會社，並著手興建新鹽田，新的擴建計畫仍然以台灣製鹽株式會社（佔投資額二成）為主體，加上東京大日本鹽業株式會社（佔投資額五成）與台灣拓殖株式會社（佔投資額三成），總共集資一千萬日元，總開墾面積為2,684甲；其中，採鹽面積約為1,137甲，於1942年完工。因新闢鹽田屬於南日本製鹽株式會社所有，故稱七股南鹽，以區別原有的七股台鹽。
1945年，第二次世界大戰結束，長官公署接收經營台灣鹽業，1946年改由鹽務機關接管，全台共有鹿港鹽場（鹿港鹽田）、布袋鹽場（掌潭鹽田、布袋鹽田、新塭鹽田、虎尾寮鹽田）、北門鹽場（蚵寮鹽田、王爺港鹽田、井仔腳鹽田、北門鹽田）、七股鹽場（台鹽鹽田、南鹽鹽田）、台南鹽場（安順鹽田、鹽埕鹽田、灣裡鹽田）與烏樹林鹽場（烏樹林鹽田）等六場。七股鹽場在1946年九月的一場颱風過境，堤防潰決，海水氾濫，使得鹽田瀕臨全毀，直到1948年才全部修復，恢復晒鹽。
1970年，台鹽成立新鹽灘開發工程處，開發海埔地鹽灘，位於青鯤鯓東側的馬沙溝鹽區與後港鹽區就是在1977年開發完成的，總計面積750甲，而後歸入七股鹽場，使得七股鹽場成為台灣最大的鹽場。
台灣鹽業走過三個世紀後，在進入二十一世紀時，卻面臨了戲劇性的考驗：2001年人工曬鹽景象消失了；2001年至2002年春天，部分鹽業歷史建築因應台鹽公司民營化減資作業，被「騰空繳回」；2002年5月機械曬鹽作業也喊停。當年5月16、17、18日台鹽公司與台南縣政府合辦了「338年的汗水，12萬天的感恩－再會吧！我們的鹽田」紀念活動，在七股鹽場採收了最後一塊鹽田，為台灣鹽業338年的曬鹽史畫下一個句點。
民營化減資作業影響所及，連當年以保存台灣數百年的鹽業文化資產為目的，並希望透過研究、文物典藏、展覽與教育活動，使台灣鹽業文化得以保存、傳承及再發展的「台灣鹽業博物館」，也都在考量營運成本下，隨著減資作業而繳回國有財產局，交由台南縣政府代管。
由於台灣鹽博物館是目前台灣唯一的鹽產業博物館，是雲嘉南濱海國家風景區的重要觀光資源，具有深刻的歷史價值。因此，台南縣政府在接管後，除了著手整合濱海相關鹽產業觀光資源，並成立跨局室執行小組及籌備委員會，蒐集由日治期間到現代與鹽相關的文物近萬件，充實館內文物典藏外，也認知到博物館經營及預算籌措不易，計畫將經營管理權轉交給教育部國立海洋生物博物館，惟為因應轉移過渡期，台南縣政府決定採取「操作管理－移交（OT）」方式，委託專業團隊經營，2004年12月20日，由台鹽公司退休人員組成的「鹽光文教基金會」取得二年期的經營管理權。
2005年1月22日，台灣鹽業博物館開館營運，昔日鹽工辛苦工作的情景與鹽業文化的歷史記憶，鮮活的呈現在每一位進入鹽博館的遊客眼前。
除了台灣鹽業博物館外，台南縣政府也提出以台灣鹽業博物館為中心，結合鹽業、鹽份地帶文化、鹽鄉聚落、鹽民生活及生態保育的《台灣鹽博物館文化園區計畫》。園區中規劃有曬鹽區、親水區、鹽場生態區、戲水區和台鹽展售區，以重現鹽場風貌，並增加了園區的商業活力。此外，也計畫在鹽田體驗外，進行文化鹽田的復曬工作，以完整呈現台灣鹽業文化風貌，並計畫透過大型活動帶動觀光人潮，使七股沿海成為國際級的鹽業文化地帶。
期待作為台灣鹽博物館文化園區核心的台灣鹽業博物館經營主體早日確定，也期待台灣鹽博物館文化園區在整合鹽山、鹽業博物館及文化園區等地域文化資產後，能使得傳統製鹽業和台灣老鹽工的動人歷史，再度躍上時光舞台。
（三）將軍漁港多元化
台南縣原有的北門、馬沙溝（原稱將軍漁港）、青山、下山等漁港是利用海岸砂洲後側的潟湖水域或鹽田、排水溝的水道，依其天然地形而興建，港面積狹小、水深不足，航道受漂砂影響進出困難，以經營拖網、刺網及定置網漁業為主。
為了解決台南縣漁港的困境，突破漁業發展的限制，政府自1991年，即於《台灣第二、三期漁港建設方案》中編列經費辦理將軍漁港（原稱中心漁港，1999年命名為將軍漁港，而原有的將軍漁港改為馬沙溝漁港）的各項建港工程，至2001年合計10期，已完成西南航道新口及將軍漁港外廓防波堤、泊地28.30公頃、碼頭2,900公尺、陸上設施31.80公頃，總投入經費25.8億元。已在2001年10月25日舉行啟用典禮。
將軍漁港建港完成後，除作為台南縣漁船停泊、漁貨拍賣外，由於港區廣闊，陸域腹地達80公頃且綠地達10公頃，加以鄰近有台鹽公司的鹽田及馬沙溝海水浴場，具有發展為漁貨直銷中心及多功能休閒漁港的潛力。
為了發揮將軍漁港的潛力，蘇煥智上任後，即提出《將軍漁港觀光魚市計畫》，希望在提升漁港原有的漁業功能外，融入觀光產業觀念，以觀光多元化發展方式來活化漁港，使將軍漁港能夠由單一生產功能變身成為兼具漁業觀光、產業發展及休閒娛樂等多元功能的現代化漁港。
2002年，連續三年在將軍漁港舉辦「南瀛全國創意漁舟錦標賽」系列活動，為漁港轉型暖身造勢。活動期間，將軍漁港湧進數萬人潮，在星空下品嚐南瀛道地風味的虱目魚大餐，在陽光下觀賞競爭激烈的漁舟錦標賽，熱鬧無比。
2005年1月23日，投資八千萬的將軍漁港觀光魚市完工落成。
除了觀光魚市的興建計畫外，台南縣政府為了讓將軍漁港具有發展觀光漁港的優勢，透過逐步綠化、美化方式，打造漁港週邊環境，興建一座面積達3萬3千多平方公尺的休閒生態公園。
期待在觀光魚市正式營運後，將軍漁港可以搭配濱海地區的觀光景點，蛻變成門庭若市的新興觀光漁港，讓到這裡來的遊客可以邊享用現撈現煮的海產，邊欣賞海景及遊船。
（四）輔導膠筏合法化
1996年後，隨著反濱南運動的逐漸升溫，七股地區豐沛的生態資源也逐漸獲得青睞，每逢假日遊客如織，搭船遊七股潟湖尋訪沙洲，成為熱門的旅遊項目，但隨之而來的舢舨漁筏管理問題，也開始蔓延開來。
上任後的蘇煥智，隨即指示農業局草擬娛樂漁筏管理辦法，2002年5月13日，在七股鄉公所舉辦「台南縣潟湖區舢舨漁筏兼營娛樂漁業管理辦法座談會」，確認娛樂漁筏航行的水域、申請程序與安全規範等。同年9月，《台南縣潟湖區舢舨漁筏兼營娛樂漁業管理自治條例》草案出爐，送經議會三讀通過。
2003年1月16日獲得農委會修正通過，2月12日正式公佈實施，成為全台首例。
至2005年7月底，台南縣合法申請的娛樂漁筏總計有31艘，分佈在七股潟湖周邊漁港或碼頭：西寮漁港、下山漁港（龍山）、海寮漁港、六孔水門（水產試驗所前）與南灣（潟湖最南端）等，而縣政府為了提升旅遊品質，也藉由《南瀛內海藍色公路暨沿岸城鎮地貌改造計畫》展開聚落碼頭的興建與景觀工程。
（五）藍色公路得冠軍
台南縣海岸地帶在潮汐、季風及河川輸沙的作用下，孕育了豐富的濕地生態景觀，有沙洲、潟湖、紅樹林、防風林、以及運用當地潮汐特性和潮間帶開發而成的漁塭、鹽田等多樣性的地理景觀。在反濱南陣營所提的替代方案（七股潟湖風景特定區）中，就提出「構建一條北接布袋港，南接七股潟湖風景特定區內各沙洲區停泊棧橋、曾文溪口遊艇碼頭區、安平港的完整藍色公路網，再搭配曾文溪國姓橋、西港遊艇碼頭的溯溪路線，發展藍色旅遊」的構想。
2002年10月，台南縣政府依據行政院《挑戰2008－國家重點發展計畫－水與綠建設計畫－地貌改造與復育》提出《南瀛內海藍色公路暨沿岸城鎮地貌改造計畫》，由北而南規劃有五個主要碼頭：蚵寮、北門、馬沙溝、青鯤鯓和龍山；另於其它具潛力的景點設置13處渡頭：黑面琵鷺賞鳥亭、南灣、十五孔、六孔、海寮、網仔寮汕、西寮、鹽豐橋、鹽興橋、井仔腳、永隆溝、蚵寮及南鯤鯓等。
《南瀛內海藍色公路暨沿岸城鎮地貌改造計畫》經內政部營建署《城鎮地貌改造－創造台灣城鄉風貌示範計畫（競爭型）》評審委員評選獲得第一名，並核定補助七千萬元，投入渡頭或碼頭設施、漁村和聯絡橋樑的建設。
在聚落碼頭或渡頭等基礎建設啟動後，台南縣政府再提出「南瀛內海藍色公路」的規劃構想，試圖重新佈置一條可以串聯與組織沿海地景的新航線，北起於急水溪畔的南鯤鯓，經頭港大排進入北門潟湖、將軍溪口、北航道、南航道，迄於七股潟湖，並打通七股潟湖西南端的大潮溝串聯黑面琵鷺保育區，然後將航線延伸至曾文溪口。
這條藍色公路可以將原本僅供漁業生產的水域，擴大為兼具觀光和生態教育的藍色公路，從水路的觀點來引導遊客欣賞與體驗沿海地區生態與景觀的豐富性和多樣性，同時也為漁村經濟注入新的活力。
（六）La New投資七股
La New公司相中在西濱快速道路以西、青鯤鯓以南，台鹽公司民營化減資後由台南縣政府代管的300多公頃土地，預計投資30至40億元，興建五百間客房以上的五星級生態渡假村。
2005年10月6日，La New公司與台南縣政府在七股鹽業博物館簽下備忘錄。熱愛生態活動的 La New公司董事長劉保佑在致詞時表示：自己熱愛生態活動， La New公司也以注重健康為號召，生態村的開發一定會符合生態的要求。
這是 La New公司第一個觀光休閒產業，也是七股鄉第一個可能的大型生態遊憩中心投資計畫，雖然備忘錄沒有法律效力，未來的規劃與相關程序還需要一段時間，但不管如何，LA NEW公司青睞七股，計畫投資符合生態要求的渡假村，讓《蘇煥智版的台南濱海國家風景區》又向前跨了一步。
遺憾的是，《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論及《環境影響評估報告書》摘要的公告，又讓這一步停了下來。
三、南科園區發展快 用水會排擠
「台南科學工業園區」的設置緣起於1990年10月，國科會正式提報建議行政院設置第二科學工業園區。這項建議列入1991年提出的《國家建設六年計畫》。
1993年2月25日，國科會完成設置第二科學工業園區可行性研究，後經區位評選委員會三次會議，台南縣新市基地獲得推薦，1995年2月23日經行政府同意，台南縣新市基地正式成為南部科學工業園區區址。
1996年1月20日，台南科學工業園區動土，台積電等8家廠商當場簽署投資意願書。3月1日起接受廠商入區申請。
歷經多年的努力，廠商陸續進駐，國內外高科技人員也陸續湧入，台南科學工業園區成了台南縣經濟發展的動脈，2005年年營業額超過3,500億，園區就業人口數超過4萬人（不含外勞）。
為了持續南科的發展，如何形塑一個富有魅力的生活環境，提供海內外科技人優質的居住場所，讓南科人根留台南縣，已成為台南縣科技產業發展的重要課題。這幾年下來，台南縣政府積極的推動了幾項令人印象深刻的計畫：1.台南科學園區特定區開發招商計畫：提出全國首創的「浮動分區」的開發概念，以創新、專業及堅毅的執行力，建立高彈性與高效率的開發模式，使得液晶專區僅1.5年、L&M區也只2年即完工，比政府自辦的開發效率要快一倍以上，又不花中央政府一毛錢，至2005年年底已完成254億的建設，成為全國典範。2.南科液晶電視及產業支援工業區計畫：選定南科特定區內第一期開發區890公頃內約247公頃的土地辦理變更編定，闢建為「南科液晶電視及產業支援工業區」，推動南科光電產業專區的設立，這不僅呼應政府推動的「兩兆雙星」政策，也符合南科園區光電產業建廠需求，加速液晶工業專區的聚落效應。3.南科康橋計畫：以英國康橋（Cambridge）優雅的水體與水岸綠地作為概念，整合南科特定區排水道、大型生態滯洪池及水體周邊的公園綠地等開放空間，劃設靜態公園，建構園區員工及附近居民的親水空間，提供作為休憩、散步、慢跑等活動用途，打造出科技、人文及休閒特有景觀，讓兼具科技與人文氣息的康橋美景現身於南科。
在南科的擴充發展下，水從那裡來？濱南案一旦獲准開發，水又從那裡來？依據南科的水源規劃，南科預估最終每日需水量為20餘萬噸，其中，自來水公司同意每日提供9.93萬噸，主要水源為曾文及南化水庫，可滿足園區至2005年底的需求，嘉南農田水利會則同意提供10.9萬噸。而濱南工業區估計每日用水量約20萬噸，水資源局只承諾每日供水8萬噸，且至2006年為止。濱南案不足的水要從那裡來？以南科的經驗來看，當然是移用農業用水，移用的單價是多少？以南科為例：農田水利會希望每噸10元，南科管理局希望降為8元；以後濱南案進來搶水，費用要怎麼算？有那麼多農業用水可以移用嗎？排擠現象的出現，已經毋庸置疑！
四、國際空港貿易區 正反有爭議
興建南部國際機場，把國際機場蓋在七股，不是蘇煥智上任後才有的計畫，而是從陳唐山縣長任內就開始推動。1993年，交通部委託的評估計畫指出：興建南部國際機場為政府勢在必行、刻不容緩的建設。至於南部國際機場的候選地點中，則以七股最佳，理由包括：七股位於南部產業地理中心、沿海腹地廣大、空域優良、氣候適宜、土地取得容易、開發成本低與環境衝擊較小等優勢。
七股國際機場的計畫地點位於七股潟湖西北側海底未浮出的沙洲，基地長6公里、寬4公里，面積約2,400公頃，距七股海岸約5公里。場址所在地有一個海底沙脊，是濱南案計畫用來當作錨泊區的區位，也是濱南案計畫抽沙造地的沙源，在反對濱南案的過程中，環保團體就指出：計畫用地重疊，且機場的十年計畫工期與濱南案的抽沙工期重疊，未來除了得面臨搶沙與搶土的爭端外，也進一步加重海岸流失的危機。後來，濱南案的環境影響評估結論中清楚記載：「為顧及海岸穩定及生態資源保存，不應抽取規劃錨泊區海中沙脊之砂源。」
當時，環保團體對於同樣需要抽取大量海沙的七股國際機場，能否通過環境影響評估的審查，保持懷疑，並「希望」台南縣、市政府能夠秉持維護生態環境、保障人民安全的原則，以免在人民還沒有享受到這一類大型建設的成果前，就嚐到海岸線破壞、生態遭劫的苦果。至於各級政府與各級民意代表，則幾乎沒有人反對，甚至被誤認為反對者，都必須發布新聞稿釐清。
在七股外海蓋國際機場的計畫送到交通部後，就沒有進一步消息了！
蘇煥智就任縣長後，著眼於台南科學園區廠商提昇國際競爭力的迫切需求，考量新一代超級航機A380將投入商轉，而中正機場的跑道只有3,660公尺，不敷使用，至於小港機場則因跑道不夠長，尚有宵禁問題無法解決。因此，開始推動七股南部國際空港暨自由貿易區計畫，將原計畫在外海的場址，內移到七股鄉與將軍鄉臨界台鹽民營化減資後的鹽田與部分漁塭，計畫用地面積2,000公頃，其中，機場用地500 公頃，自由貿易港區用地1,500公頃；並準備採取BOT模式進行開發，由政府取得用地，民間投資開發機場及自由貿易港區，其中，機場部分設置二條4E級（4,000m × 60m）跑道，自由貿易港區部份設置航空快遞中心、自由貿易區、航太工業區、經貿商務中心等設施。
2003年1月10日，台南縣政府與金國產國際企業集團簽訂「南部國際空港暨自由貿易港區BOT投資案」備忘錄。
2003年8月27日，台南縣政府與GHK盈智經濟管理顧問公司簽訂「南部國際空港暨自由貿易港區國內外招商計畫先期作業」契約，委託研擬招商策略、辦理招商說明會、編撰招標文件草案、製作說帖與安排投資者考察等。
消息傳出，贊成與反對的聲音通通出籠，甚至諷刺蘇煥智要蓋「七股雞場」，要為黑面琵鷺蓋「跑道」。在正反聲音中，除了就供需面互有爭議外，另一個令人不解的是蘇煥智反對濱南案的立場與原則，包括對於黑面琵鷺的衝擊與當地居民居住權的影響。
面對質疑，蘇煥智解釋：七股蓋國際機場是延續蕭萬長院長和陳唐山縣長的政策，再做更合時宜的修正提案。反對濱南開發案的主要原因為：濱南案是高耗水、高耗能且又是重污染的鋼鐵及石化業開發計畫，產生的酸雨及懸浮微粒，將嚴重影響南科廠商的投資意願，更嚴重的是，台灣最大的七股潟湖可能因此消失。至於影響黑面琵鷺生態保護區的質疑，蘇煥智也強調：黑面琵鷺保護區距離機場15公里，在機場噪音管制區外，不會受到影響。至於影響居民居住權的部分，縣政府一定會全力做好頂山村遷村案賠償，不會讓居民權益受損。
看起來，需要更多的溝通說服對方！
讓我納悶的是，蘇煥智的說法，濱南案的開發單位與贊成濱南案的人好像說過：……廠址亦非黑面琵鷺的覓食範圍……，廠址開發對距離約九公里的黑面琵鷺棲息地，並無直接的影響。（參考「黑面琵鷺及自然保育與漁業及其他（1998.6.25、1999.1.29、1999.5.15）」）
至於開發廠址內居民居住權安排，濱南案開發單位對於開發範圍內的漁業補償也說過：會做好補償。而當時贊成濱南案的台南縣政府承諾將在通過環評確定開發範圍後，協調籌組「漁業補償協調委員會」處理相關事宜。
雖然，我和蘇煥智共同發表這本書，但，就「七股蓋國際機場」這件事，我也是需要被說服的對象之一。
五、六一二水災衝擊 潟湖是關鍵
2005年6 月12日開始的豪大雨，讓台南縣內逾半鄉鎮前後三次陷入淹水的夢魘，包括七股在內的沿海鄉鎮對外交通完全中斷，有如孤島。
對於歷經多次颱風豪雨，總能安然無恙的台南縣沿海鄉鎮而言，六一二水災應該是意料之外的衝擊！過去以來，當地居民常把這個福份歸因給台南沿海擁有兼具防洪功能的潟湖。當地的保育與環保團體甚至把七股潟湖稱作是保障人民生命財產安全的「台江守護神」，主張妥善保護潟湖，不要被用來開發濱南工業區。
這些曾是家園守護神的潟湖到底發生了什麼變化？經過這次的大水災衝擊，台南縣政府痛心檢討，發現水災氾濫的問題在於離岸沙洲的流失與潟湖的逐漸縮小淤平：1.離岸沙洲侵蝕流失，天然防波堤喪失防禦暴潮功能：依據1989年與2002年網子寮沙洲航測圖比對結果，發現最近14年間，網子寮沙洲退縮約700公尺（即每年退縮50公尺），而沙洲高度也從6.5公尺劇降至1公尺，2005年在連續遭到海棠、泰利颱風侵襲下，巨浪直接越過沙洲，把沙洲衝擊出一個大破洞，湧浪長驅直入，導致大寮排水出口受阻，造成上游的七股、佳里地區水患。2.潟湖逐漸縮小淤平，喪失自然滯洪功能：由於離岸沙洲向東退縮造成潟湖面積急劇縮小，另一方面颱風巨浪沖蝕沙洲，將沙土帶入潟湖致使潟湖逐漸淤平、陸化，導致北門、七股潟湖逐漸喪失天然滯洪功能，無法容納將軍溪、大寮排水和七股溪上游的洪水，造成將軍、七股、學甲、麻豆、佳里等地區淹水情形嚴重。
由於北門、七股潟湖是台灣主要的牡蠣養殖區，也是觀光漁筏的發源地，一旦潟湖淤平、陸化，將造成漁民大量失業，此外，潟湖在海水淡水的交互作用下，營養豐富，是沿海魚苗的重要哺育場所，倘若淤淺消失，恐將造成沿海漁業資源枯竭的嚴重後果，連帶的使得區域排水的問題更趨惡化。
面對挑戰，台南縣政府提出搶救復育對策：1.運用親水柔性工法保護離岸沙洲：清疏北門、七股潟湖150萬方的淤沙，以打樁編柵方式回填培厚離岸沙洲，將10公里長的沙洲加高3公尺，培厚50公尺，以鞏固天然防波堤，填塞沙洲缺口，遏止暴潮海水倒灌。2.參考荷蘭、歐洲經驗，於潮口設置防潮閘：荷蘭地勢低，每逢暴潮海水倒灌，便造成重大淹水災害，因此在北海及西南沿海地區興建一連串的離岸海堤及防潮閘，將暴潮阻擋於外海，並降低內海（潟湖）水位，形成天然滯洪池承納上游洪水，成效顯著，英國也在泰晤士河口設置有大型的防潮閘，義大利政府為搶救威尼斯也計畫在潟湖缺口設置防潮閘。2005年海棠、泰利颱風期間，台南將軍潮位站測得的外海暴潮高達1.9公尺，導致海水循將軍溪河道倒灌，佔據排洪斷面，上游洪水無處渲洩，溢淹兩岸，造成嚴重水患，因此，可在北門、七股潟湖潮口興建3公尺高的防潮閘，配合沙洲防禦暴潮入侵，讓潟湖形成大型海岸滯洪池，以容納將軍溪、大寮排水、劉厝排水的洪水，減輕學甲、麻豆、佳里、將軍、七股等地水患。3.加強沙洲及潟湖監測維護工作：為確保離岸沙洲沖淤平衡，建議成立專責單位負責長期監測，一旦發現沙洲侵蝕及潟湖淤積惡化，即刻辦理清疏與沙洲加高培厚等維護工程，方能確保離岸沙洲的動態平衡。
看到潟湖因大自然反撲所遭受的傷害，想到家旺伯在農曆年初一告訴我的：最近潟湖的漁獲少了很多！讓我更深一層的體會到「台江守護神」的意義，也進一步警覺到在大自然反撲之下，人類若不能停止私慾的作祟，反而一再的貪婪，惡性循環的結果，受傷將不只是潟湖、不只是沙洲，而是：
台灣，土地，我們敬愛的母親！