第三屆董監事名單
因辦理「臨門方案」及「333融資造屋方案」所衍生之債權與抵押權併同剩餘財產，依財團法人九二一震災重建基金會捐助暨組織章程第廿三條「本會存立期間為十年，解散清算後，其剩餘財產屬財團法人賑災基金會。」規定，移轉予財團法人賑災基金會，並與財團法人賑災基金會簽署「債權讓與契約」。
壹、台中縣大里市中興國宅更新重建案
貳、南投縣南投市公園大廈更新重建案
參、南投縣中寮鄉永平都市更新重建案
肆、南投縣集集鎮第一商場案
伍、南投縣信義鄉潭南部落擴編建地遷住計畫
財團法人九二一震災重建基金會民國九十八年五月十五日（清算完結日）及九十七年六月三十日（解散日）之資產負債表，暨民國九十七年七月一日至九十八年至五月十五日及九十七年一月一日至六月三十日之經費收支餘絀計算表及現金流量表，業經本會計師查核竣事。上開財務報表之編製係管理階層之責任，本會計師之責任則為根據查核結果對上開財務報表表示意見。
本會計師係依照會計師查核簽證財務報表規則及一般公認審計準則規劃並執行查核工作，以合理確信財務報表有無重大不實表達。此項查核工作包括以抽查方式獲取財務報表所列金額及所揭露事項之查核證據、評估管理階層編製財務報表所採用之會計原則及所作之重大會計估計，暨評估財務報表整體之表達。本會計師相信此項查核工作可對所表示之意見提供合理之依據。
依本會計師之意見，第一段所述財務報表在所有重大方面係依照一般公認會計原則編製，足以允當表達財團法人九二一震災重建基金會民國九十八年五月十五日及九十七年六月三十日之資產、負債及基金與餘絀餘額，暨民國九十七年七月一日至九十八年五月十五日（清算完結日）及九十七年一月一日至六月三十日（解散日）之經費收支餘絀及現金流量。
如財務報表附註一所述，財團法人九二一震災重建基金會董監事聯席會於民國九十六年八月三十一日決議存續期間至民國九十七年六月三十日止。本基金會章程規定解散清算後，其剩餘財產移轉予財團法人賑災基金會。財團法人九二一震災重建基金會預期其資產之移轉將不致發生重大損失，因是第一段所述解散日之民國九十七年六月三十日財務報表，係按繼續經營基礎編製。
勤業眾信會計師事務所
會計師 許 秀 明
中華民國九十八年五月二十二日
下載清算報告（財務報表暨會計師查核報告、監察人審查報告書、內政部同意備查函、聲報清算完結）
說明：銀行存款餘額＝回收現金＋利息收入餘額＋一般捐款收入－重建計畫支出。
註：本會運作九年尚有餘額，乃因重建計畫中有「臨門方案」、「333融資造屋方案」與「達陣方案」等三項方案係採取免擔保、無息融資方式，提供災戶重建過程所需周轉金，俟重建完成由重建戶憑取得之建物及土地申請銀行貸款，清償本會提供之資金，形成資金可回收再利用之機制。所有引用九二一基金會剩餘財產資料者，務請本諸良知完整陳述過程，避免錯誤解讀成「沒做事，所以還剩下錢」。
註：因辦理「臨門方案」及「333融資造屋方案」所衍生之債權與抵押權併同剩餘財產（不動產部分），已於2008年8~10月移轉予財團法人賑災基金會，並與財團法人賑災基金會簽署「債權讓與契約」。
註：剩餘財產之現金部分（45億3,051萬9,225.5元），分別於2008年10月30日及2009年4月30日移撥財團法人賑災基金會。
本會經費初期來自行政院「行政院九二一賑災專戶」所匯集之各界捐款。該專戶於2000年5月結帳後，由內政部另設九二一賑災專戶（郵政劃撥帳號19389716）繼續接受各界捐款，再轉交本會統籌運用，另有部分捐款人或縣（市）政府或鄉（鎮）公所直接將捐款捐贈或轉贈本會。
至2009年4月29日止（結清帳戶），一般捐款收入12,859,883,455.5元，指定用途捐款收入1,228,763,608元，重建計畫支出14,413,670,154元，捐款使用率達112.08%，指定用途捐款支出1,226,163,608元，臨門方案、333融資造屋方案與達陣方案循環資金回收分別為4,677,743,587元、297,056,884元、25,110,442元，利息收入餘額1,084,395,011元，總計一般捐款餘額4,530,519,225.5元。待回收資金有三筆，共50,330,216元。如表一。
1.「一般捐款」部分，共投入32項重建計畫或專案，如表四，使用經費14,413,670,154元，因築巢專案臨門方案與九二一災區333融資造屋方案採循環機制辦理，故實際使用經費超過可資運用之一般捐款12,859,883,456元，資金使用率達112.08%。
2.「指定用途捐款」1,228,763,608元已全數撥出。收支總表與明細如表五與表六。
依據重建計畫性質，32項重建計畫中屬於生活重建相關計畫者有12項，使用經費2,276,242,682元；住宅重建相關計畫者有10項，使用經費9,349,356,747元；防災、搶險與復建相關計畫者有5項，使用經費1,037,508,388元；重建規劃相關計畫者有3項，使用經費224,553,686元；其他計畫2項，使用經費1,529,037,107元。若從使用經費比例來看，生活重建相關計畫佔15.79%、住宅重建相關計畫佔64.85%、防災、搶險與復建相關計畫佔7.20%、重建規劃相關計畫佔1.56%、其他計畫佔10.61%。如表七與圖一。
臨門家族
倒塌的大樓是九二一大地震中最為揪結人心的畫面，而大樓重建更是災後重建中難度最高的工程。原本就共有持分的產權已經相當複雜，災後住戶間不同的經濟條件，重建與不重建，在在都使得內部意見的整合幾乎成為不可能的任務。
九二一基金會理解大樓重建的艱辛，2000年6月起開始倡導、鼓勵受災大樓循都市更新程序辦理重建，整合並補助專業協力團隊陪伴大樓住戶走向重建之路。2001年4月，更進一步推出「臨門方案」，價購大樓內不參與重建者的產權並「免擔保」地提供無息融資給重建戶，加上後續推出的「達陣方案」，前後共有70處（5,410戶）集合住宅大樓與街廓社區，在「誠信」與「互助」的基礎上，同時解決土地與更新重建問題。
集合住宅大樓與街廓社區重建，從委託規劃、建築設計到工程發包，都由住戶籌組的更新會主導辦理，期間九二一基金會委託建築經理公司與管理銀行從旁協助，並與所有大樓相互鼓勵、共享經驗。相同的記憶與際遇，「臨門家族」成為重建大樓認同的印記，也記錄著人們因為重建而擴大了「家」的想像。
弱勢造屋
九二一大地震後，政府推出「重建家園長期低利、無息貸款」的優惠措施，確實有助於減輕受災戶重建或重購家園的經濟負擔。然而，有部分經濟條件弱勢的受災戶，並沒有能力依循既有法規程序完成銀行貸款對於「擔保品」的要求，或者希望有補助款來降低重建或重購家園的負擔。
九二一基金會理解弱勢災戶取得「合法」住宅的難度，也理解直接補助弱勢災戶重建或重購家園，是一種可以同時減輕弱勢災戶負擔與降低政府利息補貼負擔的雙贏策略。於是以經濟條件弱勢的受災戶為協助對象，推出「築巢專案－九二一災區家屋再造方案」，依受災戶經濟條件不同提供每戶20~50萬的直接補助，並在審查標準上跳脫傳統以收入或財產作為唯一的依據，發展出「情境相同」的審查模式。
八年來，總共補助4,336個弱勢災戶，佔全倒戶數（以門牌計）38,935戶之11.13%。「直接補助」與「情境相同」建構出臺灣第一套「居住人權」的住宅重建模式。
集體遷村
九二一大地震後，部落與農村在還來不及理解「遷村」可能碰上的困難之前，就已經在政策規劃下走上遷村之路。前路迢迢，險阻異常，政府不斷承諾會幫忙，村民也開始引頸期待。等到承諾無法兌現，衝突與不信任就接踵而來。
面對這條「只能向前走且不能回頭」的單行道，九二一基金會理解村民期待與政府權責間的落差，也深深了解弱勢村民在面對殘破家園之餘，還得自行或集體籌措住宅重建資金的難度。因此，一方面推出「333融資造屋方案」，「免擔保」地提供無息融資給遷村戶，解決遷村計畫期間的資金籌措難題，二方面積極協調、整合與媒介內外部資源，降低遷村戶的重建費用負擔。更重要地，九二一基金會促動在地的力量站出來，鼓勵村民關心工程品質，參與建築設計、工程發包與監督等。
八年來，九二一基金會協助完成五處遷村計畫，在「住宅供應務實化」與「村民共同參與」的理念下，讓公共政策與村民之間，不再只是單向的「指導」角色，而是更為理解的「合作」關係。
以修代拆
九二一大地震中受損的集合住宅大樓，有些受損情形經專業鑑定認為並未嚴重到非拆除不可的程度，建議藉由適當的補強設計與施工，即可恢復建物應有的承載能力，甚至可以提高耐震能力到新修訂的法規要求。這種「以修繕補強方式重整家園」的主張，對於飽受驚嚇的受災戶而言，的確有難以克服的心理障礙。
九二一基金會理解受災戶的感受與疑問，採取與政府「垂直分工」的合作模式，先由九二一基金會協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書，再由政府與九二一基金會合作補助百分之七十的修繕補強工程經費。就在「專業分工」、「管考同步」與「自助人助」的原則下，九二一基金會委請台灣營建研究院作為協力單位，受理申請協助，並籌組遴選小組為大樓的修繕補強找到好的專業團隊，再由專業團隊來替大樓擬定修繕補強計畫書，作為後續實質修繕補強的依據。
雖然到目前為止，還有少數社區為修繕補強或拆除重建持續爭議，但已有94棟（12,814戶）集合住宅大樓在官民合作、垂直分工與專業協助的新模式下，接受補助完成修繕工程。
愛的書庫
我們一直在想，知識是如何形成？個別圖書的捐贈，在台灣已經不是新鮮事，但捐書與閱讀之間又有什麼關聯？捐了書就能達到鼓勵閱讀的效果嗎？九二一基金會曾有過相同經驗，也存在過相同的疑問，並一直努力尋求突破。
後來，九二一基金會遇上了一群積極推動閱讀的老師，發現老師是閱讀能否形成風潮的關鍵，了解共讀是促進學生互動思考的最佳方法。因此，成立了「臺灣閱讀推廣中心」，開始設置「愛的書庫」，讓書庫成為知識流動循環的法寶，由老師與學生網路票選適合班級共讀的好書，一箱箱，每箱裝有相同的40本書，在班級間、在學校間流傳，不管鄉間、部落或城市，循環不止。
3年來，結合各界力量，「愛與分享，智慧循環」已成就了16個縣市，70個「愛的書庫」，總計5,914箱，23萬6560本圖書已被循環閱讀了15次。閱讀是一輩子的事，推動閱讀不是一時的熱度，「愛的書庫」已經順利交棒，「台灣閱讀文化基金會」積極走下去……
123 社會協力
1999年大地震後成立的九二一基金會，不脫傳統「公設財團法人」的思考模式，以配合政府施政為主，只接受中央政府各單位提案，導致監察院內政及少數民族委員會第3屆第37次會議對行政院的糾正案中直指「九二一基金會對基金管理運用欠缺合理有效」。
2000年6月底，改組後的九二一基金會為呼應輿論要求，提出以「來自民間、支助民間、協助政府」、「議題導向、主動規劃」、「透明效率、落實重建」等原則作為業務推動與捐款管理的方針，並推出「123協力方案」，鼓勵民間團體投入獨居老人、兒童少年、身障者、變故家庭與低收入戶等族群的居家照顧、送餐服務、日間托育、課後安親與心靈重建等，並促動社區組織與地方政府發展社區產業與提振地方產業特色。
在地草根團體「龍眼林福利協會」與「南投縣生活重建協會」等在災後八年仍持續開花結果，成為社區照護的典範。魚池鄉「阿薩姆紅茶」最近幾年從谷底回升並蔚為風潮，為振興地方產業寫下新的一頁。
88年10月13日制訂
89年12月20日修訂
第一條 為妥善管理及運用九二一震災捐款，特訂定本辦法。
第二條 本會董事會掌理本會基金及經費之收支與保管事項，其業務由執行長負責監督財務組辦理，並由財務組編製年度會計報告彙送董事監事會核備。
第三條 本會之收入及支出，應開立中央銀行或金融機構專戶處理。
第四條 本會除創立基金不得動用外，其他經費之運用應編列預算並經董事會決議後嚴格控制。
第五條 本會每年孳息之收入及節餘之經費，得移作經費應用。
第六條 為使震災捐款發揮最大之用途，本會應主動依災後重建之需要，規劃重建專案並經董事會決議後執行。
第七條 為有效結合民間力量投入災後重建，本會得配合重建專案之推動，公開邀請民間機構、團體與各級政府就該重建專案所擬定之補助範疇與補助原則提出補助計畫，申請經費之補助。
前項之重建專案之補助範疇、申請方式、審議、撥款、督導、結案與稽核等相關作業要點，由本會依該重建專案之需要訂之。
前項之作業要點應併同該重建專案提送董事會核定。
第八條 受補助單位應按照本會核定之補助內容與經費確實執行，補助經費應設專戶存入當地金融機構，並分帳列管，不得與該單位其他經費及帳目相混，且不得移作其他用途。
第九條 補助計畫之經費應以本會核定之金額為限，若實際支付較核定金額為少時，以實際支付金額為準，並應將節餘款繳回本會歸帳。
第十條 受補助單位對本會補助經費之支付，僅限於補助計畫書中預算科目所列之用途，如基於實際需要，必須變更或流用原預算科目時，其流用金額超過本科目百分之十五以上者，應於變更或流用前敘明理由，並徵得本會書面同意。
第十一條 受補助單位應於工作結束兩個月內向本會提出結案報告。
結案報告之製作格式，由本會訂之。
第十二條 本會應於年度終了後編製決算報告書，提報董監事會審定。
第十三條 本會會計基礎採權責發生制，訂定會計制度，以為會計事務之處理依據。
第十四條 本辦法經董事會核定後施行，修正時亦同。
88年10月13日制訂
89年9月6日第一次修訂
93年12月2日第二次修訂96年8月31日第三次修訂
第一條 本基金會定名為「財團法人九二一震災重建基金會」（以下簡稱本會）。
第二條 本會主事務所設於台北市，並得視業務需要，設立分事務所。
第三條 本會以運用社會資源，統合民間力量，協助九二一地震受災地區之重建為目的，辦理下列業務：
一、關於災民安置、生活、醫療及教育之扶助事項。
二、關於協助失依兒童及少年之撫育事項。
三、關於協助身心障礙者及失依老人之安（養）護事項。
四、關於協助社區重建之社會與心理建設事項。
五、關於協助社區及住宅重建之相關事項。（第一次修正增列）
六、關於協助成立救難隊及組訓事項。
七、關於協助重建計畫之調查、研究及規劃事項。
八、關於重建記錄及出版事項。（第一次修正增列）
九、其他與協助賑災及重建有關事項。
第四條 本會創立基金訂為新臺幣參仟萬元。本基會之經費來源如下：
一、行政院及中央各部會九二一賑災專戶之捐款。
二、自願加入本會之地方政府九二一賑災相關專戶之捐款。
三、自願加入本會之民間九二一賑災相關專戶之捐款。
四、其他收入。
第五條 本會設董事會，為本會之決策機構，掌理捐款之管理及運用、執行長之任免、工作方針之核定、業務計畫及預算之審議等事宜。
第六條 本會董事會置董事十五人至二十一人。第一屆董事、副董事長及董事長由行政院就下列人員聘任之：
一、立法院院長。
二、總統府代表。
三、內政部部長。
四、工商界代表。
五、社會公正人士。
六、公益團體代表。
七、媒體代表。
第七條 董事為無給職，任期三年，期滿得續聘之。在任期內因職務調動或因故出缺時，依前條規定改聘之，其任期以補足原任期為限。
第八條 本會置董事長一人，綜理會務，對外代表本會。置副董事長一人至三人，襄助董事長處理會務。自第二屆起均由董事互選之。
第九條 新任董事會於上屆任滿之日成立，並依第八條規定選舉董事長及副董事長。
第十條 董事會每二個月開會一次，由董事長召集並為主席。董事長因故缺席，由副董事長代理之；董事長、副董事長均缺席時，由董事互推一人代理之。董事長認為必要或經董事三分之一以上提議，得舉行臨時董事會。
第十一條 董事會之決議，須經由二分之一以上董事出席，並以出席董事過半數同意行之。但章程之變更、本會之解散，須有董事三分之二以上出席，出席董事三分之二以上同意行之。
第十二條 董事因故不能出席會議時，得以書面委託其他董事代行職務。但每一董事以受一人委託為限。
第十三條 本會置監事五人至七人，掌理捐款之稽核、財務狀況之監督及決算表冊之查核等事宜，由行政院就下列人員聘任之：
一、司法院院長。
二、會計界代表。
三、受災地區代表。
第七條之規定，於監事準用之。
第十四條 本會置執行長一人，襄助處理董事會事務，由董事長提名，經董事會同意後聘任之；解任時亦同。
第十五條 本會置副執行長一人至三人，由執行長提請董事長同意後聘任之；解任時亦同。
第十六條 本會設下列各組，辦理第三條所訂業務：
一、行政組。
二、財務組。
三、業務組。
各組置組長一人，並視業務繁簡，置工作人員若干人，由執行長提請董事長聘任之。
第十七條 本會得因業務需要，由執行長提請董事長同意聘任顧問若干人。
第十八條 本會之會計年度採曆年制，自每年元月一日起至十二月三十一日止。
第十九條 本會會計制度採權責發生制，應設置必要之會計帳簿或帳冊，經費收支須取得合法憑證並詳實列帳，以備查核。有關賑災捐款之收支，應定期公開徵信。
第二十條 本會之基金應定存於金融機構，而各項收入除零用金外，均存放於金融機構。
如有投資於公、民營機構之債、票、券者，應報請主管機關備查。
第廿一條 本會應於會計年度開始前三個月擬定業務計畫及預算，提報董事會通過後執行。
第廿二條 本會應於年度結束後二個月內編制捐款收支報告書、暨全年度決算，提報董事會通過後，送請監事核備。
第廿三條 本會存立期間為五年，解散清算後，其剩餘財產屬國庫。（原條文）
第廿三條 本會存立期間為十年，解散清算後，其剩餘財產屬財團法人賑災基金會。（第二次修正）
第廿三條 本會存立期間至九十七年六月三十日止，解散清算後，其剩餘財產屬財團法人賑災基金會。（第三次修正）
第廿四條 本章程未規定事項悉依有關法令規定辦理。
第廿五條 本章程經本會完成財團法人登記後施行。
1999年9月21日凌晨1時47分，菲律賓海板塊與歐亞大陸板塊相互擠壓，錯動的力量，沿著「車籠埔」與「大茅埔－雙冬」斷層爆發出來，重創了板塊交會處的美麗島嶼。面對這場百年來的重大災難，政府除在第一時間成立災情應變小組與救災中心外，宣布「發放救助及慰問金」、「受災戶原有房屋借款本金展延5年」、「提撥郵政儲金轉存款1,000億元，辦理長期低利、無息購屋、住宅重建或修繕貸款」等緊急因應措施外，基於緊急救助、安置及重建的需要，由 總統於9月25日發布「緊急命令」，並於9月27日成立「行政院九二一震災災後重建推動委員會」。又，進一步提出「災後重建計畫工作綱領」，並決定參考日本1995年1月17日發生阪神大地震後，於三個月內完成制定「阪神・淡路大震災復興の基本方針及び組織に関する法律」的立法精神，制定任務性與限時性的特別法－「921震災重建暫行條例」。
同一時間，隆起的斷層，救災的畫面，透過媒體傳播，一幕又一幕的送入人們的腦海裡，沒有界限，不分彼此的人間溫情，把生命共同體的患難意識催化到極點，來自國內外世界公民的愛心伴隨一批又一批的捐款、物質與人力支援，如潮水般地匯聚到這裡。依據內政部的統計資料，九二一震災後中央政府「921賑災專戶」、各級地方政府、紅十字會、慈濟基金會、媒體等所募得的款項共約新臺幣339億元（不含慈善團體或民間機構直接援建部分），其中捐入或轉捐入中央政府「921賑災專戶」的捐款累計有140億元，佔總體捐款的41%。
財團法人九二一震災重建基金會（以下簡稱九二一基金會），這個緣起於921震災、中央政府為管理運用「921賑災專戶」捐款，邀請社會人士與相關單位所組成的單位，於1999年10月13日成立。由行政院聘請辜振甫先生擔任董事長，王金平、吳伯雄二位先生為副董事長，孫明賢先生、孫震先生、陳長文先生、戴東原先生、蕭新煌先生、孫越先生、黃正雄先生、黃主文先生、高清愿先生、淨心法師、邵慶明先生、田弘茂先生、許文彬先生、江奉琪先生、陳繼盛先生、李慶平先生為董事，翁岳生先生、彭百顯先生、廖永來先生、張溫鷹女士、王景益先生為監事，並召開第一屆第一次董監事會聯席會，報告成立緣起，通過本會捐助暨組織章程，確認秉持公開與獨立自主原則，管理運用來自各界的愛心捐款。
本會成立之初，除商請財團法人台灣區雜糧發展基金會提供辦公處所，並敦請該基金會的董事長孫明賢先生（本會董事）、執行長潘家聲先生、副執行長林義祥先生、秘書組組長張永欣先生及財務組組長林義杜先生以義工方式暫兼本會執行長、副執行長及業務組、行政組、財務組組長。
成立後的九二一基金會為了積極展開業務，旋即依「捐助暨組織章程」第三條規定的業務項目，研訂業務計畫，並在1999年11月3日第一屆第一次臨時董監事聯席會，通過內政部所提出的「鼓勵失依兒童少年成立信託以保護其財產與生活案」及「補助受災社會福利機構重建計畫」兩項補助計畫。前者係針對震災失依兒童、少年或其親屬，採取信託方式處理其領得的全部慰助金、捐款與遺產者，予以新臺幣50萬元補助。後者則以認養方式，補助49個震損公私立社福機構的重建或修繕。
1999年12月17日召開的第一屆第二次董監事聯席會，除通過本會「員工管理規則」、「基金及經費管理運用辦法」及「會計制度」，並放寬災區失依兒童少年信託基金的受託單位為「經財政部許可辦理信託業務的金融機構」，且核定「災區受災保險對象公、勞、農、全民健康保險自付保險費補助計畫」、「補助災區辦理社區重建調查規劃費用計畫」、「補助農村聚落重建調查規劃費用計畫」、「補助原住民聚落重建調查規劃費用計畫」、「災區及社區生活整體照顧重建（五年）計畫」，、「九二一震災原住民災區獨居老人暨身心障礙者居家暨營養餐飲服務（五年）計畫」、「災區及社區生活整體照顧重建（五年）計畫執行情形之研究」等七項補助計畫。另，鑑於災區生活重建及社區重建工作計畫項目繁雜，且均屬高專業性，為求計畫完整與效率，亦決議設置「計畫審議委員會」，由執行長召集，對各部會彙整提出的計畫，經專業性審議，再提董監事聯席會討論。
爰此決議，本會於2000年1月5日邀請蕭新煌教授、邵慶明會長、張隆盛顧問及洪德旋顧問研商「財團法人九二一震災重建基金會計畫審議委員會成立事宜」，討論「計畫審議委員會組織簡則」及「計畫審議委員會」委員人選。而後，為爭取時效，隨即於2000年1月20日及1月27日召開第一次及第二次計畫審議委員會會議，審議通過行院原住民族委員會所提「九二一震災原住民災區獨居老人暨身心障礙者居家暨營養餐飲服務（五年）計畫」及各縣（市）政府所提「災區及社區生活整體照顧重建（五年）計畫」第一年細部計畫及經費，以及「行政院文建會辦理震災災區『年節溫情』系列活動計畫」、「錄製向大地學習錄影帶」等補助案。
2000年1月31日召開的第一屆第二次臨時董監事聯席會，除核備「計畫審議委員會組織簡則」及聘請蕭新煌（台大教授）、曹愛蘭（台北市弘愛中心主任）、馮燕（台大教授）、陳宇嘉（東海大學教授）、邵慶明（世界展望會會長）、蕭玉煌（內政部社會司長）、廖榮利（中國醫藥學院教授）、簡春安（長榮管理學院校長）、陳長文（國際紅十字會秘書長）、張隆盛（經建會專門委員、本會顧問）、洪德旋先生（本會顧問）、紀惠容（勵馨基金會執行長）、王榮璋（殘障聯盟秘書長）、吳玉琴（老人福利聯盟秘書長）、林惠芳（智障者家長總會秘書長）、吳英璋（台大教授）、周碧瑟（陽明大學公衛學院教授）、鄭麗珍（台大教授）、陳健仁（台大公衛學院院長）、曾憲政（高雄市教育局局長）等為審議委員會委員外，並核定「九二一震災災區年節溫情系列活動」、「製作及發行向大地震學習錄影帶」及「預撥地方特殊性及急迫性計畫補助專款」等三項補助計畫。
之後，「計畫審議委員會」再於2000年2月21日、3月31日、4月28日、5月2日召開第三、四、五、六次審議會議，共通過「提撥專款辦理震災災民重建家園貸款信用保證業務案」、「補助災區災民自付保險費第二期計畫」、「補助原住民部落建立健康互助網路計畫」、「補助原住民心靈重建計畫」、「補助國防部九二一救災行動專題研究計畫」、「補助受災地區個別建築物規劃設計費用計畫」、「補助九二一震災組合屋自來水管線供水計畫」、「補助利用俄羅斯捐贈原木興建活動中心及農產品展售中心計畫」、「九二一震災災區重度傷殘者照顧計畫」、「補助農村聚落調查規劃追加預算計畫」等10項補助計畫，總經費54億4千5百餘萬元。
2000年5月17日，第一屆第三次董監事聯席會決議「基於尊重新政府起見，全體董監事向行政院長提出總辭」。因此除通過「補助受災地區個別建築物規劃設計費用計畫」、「補助九二一震災組合屋自來水管線供水計畫」兩項補助計畫外，其餘已經審議委員會審議通過的八項計畫則予以緩議。
至此，共計召開三次董監事聯席會與二次臨時董監事聯席會，核定專案與補助計畫14項，匡列經費54億3,242萬3,517元（表一），其他業經計畫審議委員會通過者有八項，49億3,215萬7,511元（表二），兩者合計103億6,458萬1,028元，以當時的捐款總額扣除指定用途捐款後，可用的捐款餘額約19億元。
期間，孫明賢董事兼執行長及工作同仁，皆由財團法人台灣區雜糧發展基金會人員以義工方式兼辦，任勞任怨，對制度的建立，功不可沒。
然而，當時的財團法人九二一基金會在面對大型災難且經驗都不足的情況下，乃依循傳統「公設財團法人」的思考模式，以配合政府施政為主體，只接受中央政府各單位提案，行事風格較像沉穩內斂的「夥計」，導致2000年8月1日監察院內政及少數民族委員會第3屆第37次會議對行政院的糾正案中直指「九二一基金會對基金管理運用欠缺合理有效」。
行政院成立之『財團法人九二一震災重建基金會』，對基金之管理運用，欠缺合理有效；內政部未能適時宣導捐款相關法規，造成募款紊亂；且捐款相關法規未臻健全，無法建立公開透明制度，對募款單位運用善款情形未予主動瞭解、積極輔導與切實監督，落實捐款專款專用，均有疏失，爰依法提案糾正。（錄自監察院公告文件）
2000年5月，民進黨政府上台後，行政院續聘辜振甫先生、王金平先生擔任本會董事長、副董事長，改聘殷琪小姐為副董事長，並聘黃榮村先生、瞿海源先生、楊國樞先生、陳長文先生、蕭新煌先生、謝博生先生、孫越先生、陳哲男先生、張博雅女士、鄭深池先生、淨心法師、邵慶明先生、徐璐小姐、陳其南先生、許文彬先生為董事，陳繼盛先生、彭百顯先生、張溫鷹女士、廖永來先生、林賢郎先生為監事。
2000年6月19日，本會召開改組後第一屆第四次董監事聯席會，除通過聘任台灣大學謝志誠教授擔任執行長兼發言人，並核定「提撥專款辦理震災災民重建家園貸款信用保證業務計畫」外，為使新任董監事能瞭解基金會業務及經費運用狀況，請執行長立即整理資料，並於兩週內召開臨時董監事會議提出報告。
六月底，本會遷入位於台北市仁愛路三段五巷一弄九號租來的辦公處，並招募包括王俊凱、蔡培慧、張劭農、劉漢卿、蕭淑瓊與柳怡如等六位專職工作人員，以「仁愛」為本，從「新生」出發，展開本會另一階段的任務。
7月5日，本會依第一屆第四次董監事會會議結論，召開第一屆第四次臨時董監事聯席會，由執行長就本會經費與各項補助計畫的執行情形提出報告，並為洗清監察院不名譽的指責，呼應輿論要求，提出以「來自民間、支助民間、協助政府」、「議題導向、主動規劃」、「透明效率、落實重建」等原則作為會務運作、業務推動及捐款管理的方針。
就在「用熱情參與重建、以誠意喚回愛心」，以及「化被動為主動」的自我期許下，本會以協助住宅重建作為會務的主軸，推出以「受災集合住宅」、「受損集合住宅」、「弱勢族群」與「地方政府」為協助對象的「築巢專案」，並在「尊重專業」、「專業分工」、「管考同步」與「自助人助」原則下，擬定「協助受災集合住宅更新重建方案」、「協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書方案」、「九二一災區家屋再造方案」與「九二一災區333融資造屋方案」等四個方案，經2000年9月6日第一屆第五次董監事聯席會核定通過，並修正捐助暨組織章程，把「協助社區及住宅重建相關事項」納入業務範圍，以及同意聘請台北大學張紉副教授擔任本會副執行長，協助推動與規劃生活重建相關計畫。
為了全力推動「築巢專案」，本會於2000年12月1日正式於南投縣中興新村仁義路二十八號成立南投辦公室，除請纓進駐的蔡培慧外，陸續聘賴澤君、潘惠英、黃瓊玉等三位專職工作人員。
2000年12月，董事長辜振甫先生、副董事長王金平先生請辭，由行政院改聘殷琪小姐為董事長，瞿海源先生及陳長文先生為副董事長。
在推出「築巢專案」作為本會投入災後重建的主軸外，為兼顧其他面向的需求，落實九二一基金會「來自民間、支助民間、協助政府」的承諾，並回應各界要求九二一基金會開放民間團體直接提案申請經費補助的期待，經2000年12月20日經第一屆第六次董監事聯席會同意修訂「基金及經費管理運用辦法」，確認本會應有效結合民間力量，積極投入災後重建的原則！
為配合「築巢專案」的推動，於2001年6月將會址遷往台北市長春路一五六號六樓，並增聘謝靜綺以因應業務量的擴充。
2003年4月10日第二屆董監事聯席會成立，行政院聘殷 琪小姐、瞿海源先生、陳長文先生、淨心法師、廖嘉展先生、許文彬先生、蕭新煌先生、楊志航先生、王光賜先生、鄭深池先生、謝博生先生、徐 璐小姐、陳其南先生、黃志芳先生、郭瑤琪女士、余政憲先生、陳繼盛先生擔任董事，聘林宗男先生、黃仲生先生、胡志強先生、林賢郎先生擔任監事。並經推舉殷 琪董事擔任董事長，瞿海源董事與陳長文董事擔任副董事長。續聘謝志誠教授擔任執行長。
2004年12月2日修訂捐助暨組織章程，依行政院的指示將存立期限延長為10年，解散清算後的剩餘財產歸屬則由國庫調整為財團法人賑災基金會。
2006年8月7日第三屆董監事聯席會成立，行政院聘殷 琪小姐、陳長文先生、瞿海源先生、李逸洋先生、林萬億先生、吳豐山先生、卓榮泰先生、陳其南先生、蕭新煌先生、謝博生先生、鄭深池先生、淨心法師、許文彬先生、王光賜先生、廖嘉展先生、徐 璐小姐、陳繼盛先生擔任董事，聘聘李朝卿先生、黃仲生先生、胡志強先生、林賢郎先生、陳屬藤小姐擔任監事。並由董監事推舉殷 琪董事擔任董事長，瞿海源董事與陳長文董事擔任副董事長。續聘謝志誠教授擔任執行長。
又，鑑於重建工作階段性任務可望提前完成，經2007年8月31日第三屆第二次董監事聯席會同意，再度修訂捐助暨組織章程，將存立期間調整至2008年6月30日止。
回顧過去八年六個月，推動重建計畫共計32項。其中，屬於生活重建相關計畫有「九二一震災重建區教育仁愛救助金專案」、「九二一震災重建區桃芝颱風災害救助及安置專案」、「補助九二一震災受災國中小學校優良圖書專案」、「弱勢族群暨邊遠地區921溫馨巴士補助專案」、「九二一震災組合屋臨時社區行政管理經費補助專案」、「補助九二一震災組合屋自來水管線供水計畫」、「九二一震災災區年節溫情系列活動」、「災區及社區生活整體照顧重建五年計畫執行情形之研究」、「災區原住民老人暨身心障礙者居家服務暨營養餐飲服務計畫」、「災區及社區生活整體照顧重建計畫」、「災區受災保險對象公、勞、農、全民健康保險自付保險費補助計畫」、「受災社會福利機構重建計畫」、「鼓勵失依兒童少年成立信託基金以保護其財產與生活安全案」等12項，住宅重建相關計畫有「築巢專案—達陣方案」、「築巢專案—補助受損集合住宅辦理修繕補強方案」、「築巢專案—臨門方案」、「築巢專案—九二一災區333融資造屋方案」、「築巢專案—九二一災區家屋再造方案」、「築巢專案—協助受損集合式住宅擬定修繕補強計畫書方案（二）」、「築巢專案－協助受損集合式住宅擬定修繕補強計畫書方案」、「築巢專案—協助受災集合式住宅更新重建方案」、「提撥專款辦理震災災民重建家園信用貸款保證業務」、「補助受災地區個別建築物規劃設計費用計畫」等10項，防災、搶險與復建相關計畫有「九二一重建區鄉（鎮、市、區）公所辦公廳舍災後重建工程與設備補助計畫」、「補助民間救難團隊裝備器材暨組訓專案」、「九二一震災重建區辦理災後橋樑復建工程補助專案」、「九二一震災重建區山區道路坍塌土石清除機具（經費）補助專案」、「製作及發行『向大地震學習』錄影帶」等5項，重建規劃相關計畫有「補助原住民聚落重建調查規劃費用計畫」、「補助農村聚落重建調查規劃費用計畫」、「補助災區辦理社區重建調查規劃計畫」等3項，其他綜合型計畫有「九二一災後生活與社區重建123協力專案」、「預撥地方特殊性及急迫性計畫補助專款」等2項。如表三。
2008年8~10月將因辦理「臨門方案」及「333融資造屋方案」所衍生的債權與抵押權併同剩餘財產（不動產部分），移轉予財團法人賑災基金會，並與財團法人賑災基金會簽署「債權讓與契約」。至於剩餘財產的現金部分則分別於2008年10月30日及2009年4月30日移撥財團法人賑災基金會。臺北市長春路一五六號六樓辦公室於2008年10月30日卸牌熄燈，九二一基金會的檔案移請國立臺灣大學圖書館典藏。
九二一基金會於2009年5月向臺北地方法院聲報清算完結，走入歷史。
