1999年9月21日凌晨1時47分，菲律賓海板塊與歐亞大陸板塊相互擠壓，錯動的力量，沿著「車籠埔」與「大茅埔－雙冬」斷層爆發出來，重創了板塊交會處的美麗島嶼。面對這場百年來的重大災難，政府除在第一時間成立災情應變小組與救災中心外，宣布「發放救助及慰問金」、「受災戶原有房屋借款本金展延5年」、「提撥郵政儲金轉存款1,000億元，辦理長期低利、無息購屋、住宅重建或修繕貸款」等緊急因應措施外，基於緊急救助、安置及重建的需要，由 總統於9月25日發布「緊急命令」，並於9月27日成立「行政院九二一震災災後重建推動委員會」。又，進一步提出「災後重建計畫工作綱領」，並決定參考日本1995年1月17日發生阪神大地震後，於三個月內完成制定「阪神・淡路大震災復興の基本方針及び組織に関する法律」的立法精神，制定任務性與限時性的特別法－「921震災重建暫行條例」。
同一時間，隆起的斷層，救災的畫面，透過媒體傳播，一幕又一幕的送入人們的腦海裡，沒有界限，不分彼此的人間溫情，把生命共同體的患難意識催化到極點，來自國內外世界公民的愛心伴隨一批又一批的捐款、物質與人力支援，如潮水般地匯聚到這裡。依據內政部的統計資料，九二一震災後中央政府「921賑災專戶」、各級地方政府、紅十字會、慈濟基金會、媒體等所募得的款項共約新臺幣339億元（不含慈善團體或民間機構直接援建部分），其中捐入或轉捐入中央政府「921賑災專戶」的捐款累計有140億元，佔總體捐款的41%。
財團法人九二一震災重建基金會（以下簡稱九二一基金會），這個緣起於921震災、中央政府為管理運用「921賑災專戶」捐款，邀請社會人士與相關單位所組成的單位，於1999年10月13日成立。由行政院聘請辜振甫先生擔任董事長，王金平、吳伯雄二位先生為副董事長，孫明賢先生、孫震先生、陳長文先生、戴東原先生、蕭新煌先生、孫越先生、黃正雄先生、黃主文先生、高清愿先生、淨心法師、邵慶明先生、田弘茂先生、許文彬先生、江奉琪先生、陳繼盛先生、李慶平先生為董事，翁岳生先生、彭百顯先生、廖永來先生、張溫鷹女士、王景益先生為監事，並召開第一屆第一次董監事會聯席會，報告成立緣起，通過本會捐助暨組織章程，確認秉持公開與獨立自主原則，管理運用來自各界的愛心捐款。
本會成立之初，除商請財團法人台灣區雜糧發展基金會提供辦公處所，並敦請該基金會的董事長孫明賢先生（本會董事）、執行長潘家聲先生、副執行長林義祥先生、秘書組組長張永欣先生及財務組組長林義杜先生以義工方式暫兼本會執行長、副執行長及業務組、行政組、財務組組長。
成立後的九二一基金會為了積極展開業務，旋即依「捐助暨組織章程」第三條規定的業務項目，研訂業務計畫，並在1999年11月3日第一屆第一次臨時董監事聯席會，通過內政部所提出的「鼓勵失依兒童少年成立信託以保護其財產與生活案」及「補助受災社會福利機構重建計畫」兩項補助計畫。前者係針對震災失依兒童、少年或其親屬，採取信託方式處理其領得的全部慰助金、捐款與遺產者，予以新臺幣50萬元補助。後者則以認養方式，補助49個震損公私立社福機構的重建或修繕。
1999年12月17日召開的第一屆第二次董監事聯席會，除通過本會「員工管理規則」、「基金及經費管理運用辦法」及「會計制度」，並放寬災區失依兒童少年信託基金的受託單位為「經財政部許可辦理信託業務的金融機構」，且核定「災區受災保險對象公、勞、農、全民健康保險自付保險費補助計畫」、「補助災區辦理社區重建調查規劃費用計畫」、「補助農村聚落重建調查規劃費用計畫」、「補助原住民聚落重建調查規劃費用計畫」、「災區及社區生活整體照顧重建（五年）計畫」，、「九二一震災原住民災區獨居老人暨身心障礙者居家暨營養餐飲服務（五年）計畫」、「災區及社區生活整體照顧重建（五年）計畫執行情形之研究」等七項補助計畫。另，鑑於災區生活重建及社區重建工作計畫項目繁雜，且均屬高專業性，為求計畫完整與效率，亦決議設置「計畫審議委員會」，由執行長召集，對各部會彙整提出的計畫，經專業性審議，再提董監事聯席會討論。
爰此決議，本會於2000年1月5日邀請蕭新煌教授、邵慶明會長、張隆盛顧問及洪德旋顧問研商「財團法人九二一震災重建基金會計畫審議委員會成立事宜」，討論「計畫審議委員會組織簡則」及「計畫審議委員會」委員人選。而後，為爭取時效，隨即於2000年1月20日及1月27日召開第一次及第二次計畫審議委員會會議，審議通過行院原住民族委員會所提「九二一震災原住民災區獨居老人暨身心障礙者居家暨營養餐飲服務（五年）計畫」及各縣（市）政府所提「災區及社區生活整體照顧重建（五年）計畫」第一年細部計畫及經費，以及「行政院文建會辦理震災災區『年節溫情』系列活動計畫」、「錄製向大地學習錄影帶」等補助案。
2000年1月31日召開的第一屆第二次臨時董監事聯席會，除核備「計畫審議委員會組織簡則」及聘請蕭新煌（台大教授）、曹愛蘭（台北市弘愛中心主任）、馮燕（台大教授）、陳宇嘉（東海大學教授）、邵慶明（世界展望會會長）、蕭玉煌（內政部社會司長）、廖榮利（中國醫藥學院教授）、簡春安（長榮管理學院校長）、陳長文（國際紅十字會秘書長）、張隆盛（經建會專門委員、本會顧問）、洪德旋先生（本會顧問）、紀惠容（勵馨基金會執行長）、王榮璋（殘障聯盟秘書長）、吳玉琴（老人福利聯盟秘書長）、林惠芳（智障者家長總會秘書長）、吳英璋（台大教授）、周碧瑟（陽明大學公衛學院教授）、鄭麗珍（台大教授）、陳健仁（台大公衛學院院長）、曾憲政（高雄市教育局局長）等為審議委員會委員外，並核定「九二一震災災區年節溫情系列活動」、「製作及發行向大地震學習錄影帶」及「預撥地方特殊性及急迫性計畫補助專款」等三項補助計畫。
之後，「計畫審議委員會」再於2000年2月21日、3月31日、4月28日、5月2日召開第三、四、五、六次審議會議，共通過「提撥專款辦理震災災民重建家園貸款信用保證業務案」、「補助災區災民自付保險費第二期計畫」、「補助原住民部落建立健康互助網路計畫」、「補助原住民心靈重建計畫」、「補助國防部九二一救災行動專題研究計畫」、「補助受災地區個別建築物規劃設計費用計畫」、「補助九二一震災組合屋自來水管線供水計畫」、「補助利用俄羅斯捐贈原木興建活動中心及農產品展售中心計畫」、「九二一震災災區重度傷殘者照顧計畫」、「補助農村聚落調查規劃追加預算計畫」等10項補助計畫，總經費54億4千5百餘萬元。
2000年5月17日，第一屆第三次董監事聯席會決議「基於尊重新政府起見，全體董監事向行政院長提出總辭」。因此除通過「補助受災地區個別建築物規劃設計費用計畫」、「補助九二一震災組合屋自來水管線供水計畫」兩項補助計畫外，其餘已經審議委員會審議通過的八項計畫則予以緩議。
至此，共計召開三次董監事聯席會與二次臨時董監事聯席會，核定專案與補助計畫14項，匡列經費54億3,242萬3,517元（表一），其他業經計畫審議委員會通過者有八項，49億3,215萬7,511元（表二），兩者合計103億6,458萬1,028元，以當時的捐款總額扣除指定用途捐款後，可用的捐款餘額約19億元。
期間，孫明賢董事兼執行長及工作同仁，皆由財團法人台灣區雜糧發展基金會人員以義工方式兼辦，任勞任怨，對制度的建立，功不可沒。
然而，當時的財團法人九二一基金會在面對大型災難且經驗都不足的情況下，乃依循傳統「公設財團法人」的思考模式，以配合政府施政為主體，只接受中央政府各單位提案，行事風格較像沉穩內斂的「夥計」，導致2000年8月1日監察院內政及少數民族委員會第3屆第37次會議對行政院的糾正案中直指「九二一基金會對基金管理運用欠缺合理有效」。
行政院成立之『財團法人九二一震災重建基金會』，對基金之管理運用，欠缺合理有效；內政部未能適時宣導捐款相關法規，造成募款紊亂；且捐款相關法規未臻健全，無法建立公開透明制度，對募款單位運用善款情形未予主動瞭解、積極輔導與切實監督，落實捐款專款專用，均有疏失，爰依法提案糾正。（錄自監察院公告文件）
2000年5月，民進黨政府上台後，行政院續聘辜振甫先生、王金平先生擔任本會董事長、副董事長，改聘殷琪小姐為副董事長，並聘黃榮村先生、瞿海源先生、楊國樞先生、陳長文先生、蕭新煌先生、謝博生先生、孫越先生、陳哲男先生、張博雅女士、鄭深池先生、淨心法師、邵慶明先生、徐璐小姐、陳其南先生、許文彬先生為董事，陳繼盛先生、彭百顯先生、張溫鷹女士、廖永來先生、林賢郎先生為監事。
2000年6月19日，本會召開改組後第一屆第四次董監事聯席會，除通過聘任台灣大學謝志誠教授擔任執行長兼發言人，並核定「提撥專款辦理震災災民重建家園貸款信用保證業務計畫」外，為使新任董監事能瞭解基金會業務及經費運用狀況，請執行長立即整理資料，並於兩週內召開臨時董監事會議提出報告。
六月底，本會遷入位於台北市仁愛路三段五巷一弄九號租來的辦公處，並招募包括王俊凱、蔡培慧、張劭農、劉漢卿、蕭淑瓊與柳怡如等六位專職工作人員，以「仁愛」為本，從「新生」出發，展開本會另一階段的任務。
7月5日，本會依第一屆第四次董監事會會議結論，召開第一屆第四次臨時董監事聯席會，由執行長就本會經費與各項補助計畫的執行情形提出報告，並為洗清監察院不名譽的指責，呼應輿論要求，提出以「來自民間、支助民間、協助政府」、「議題導向、主動規劃」、「透明效率、落實重建」等原則作為會務運作、業務推動及捐款管理的方針。
就在「用熱情參與重建、以誠意喚回愛心」，以及「化被動為主動」的自我期許下，本會以協助住宅重建作為會務的主軸，推出以「受災集合住宅」、「受損集合住宅」、「弱勢族群」與「地方政府」為協助對象的「築巢專案」，並在「尊重專業」、「專業分工」、「管考同步」與「自助人助」原則下，擬定「協助受災集合住宅更新重建方案」、「協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書方案」、「九二一災區家屋再造方案」與「九二一災區333融資造屋方案」等四個方案，經2000年9月6日第一屆第五次董監事聯席會核定通過，並修正捐助暨組織章程，把「協助社區及住宅重建相關事項」納入業務範圍，以及同意聘請台北大學張紉副教授擔任本會副執行長，協助推動與規劃生活重建相關計畫。
為了全力推動「築巢專案」，本會於2000年12月1日正式於南投縣中興新村仁義路二十八號成立南投辦公室，除請纓進駐的蔡培慧外，陸續聘賴澤君、潘惠英、黃瓊玉等三位專職工作人員。
2000年12月，董事長辜振甫先生、副董事長王金平先生請辭，由行政院改聘殷琪小姐為董事長，瞿海源先生及陳長文先生為副董事長。
在推出「築巢專案」作為本會投入災後重建的主軸外，為兼顧其他面向的需求，落實九二一基金會「來自民間、支助民間、協助政府」的承諾，並回應各界要求九二一基金會開放民間團體直接提案申請經費補助的期待，經2000年12月20日經第一屆第六次董監事聯席會同意修訂「基金及經費管理運用辦法」，確認本會應有效結合民間力量，積極投入災後重建的原則！
為配合「築巢專案」的推動，於2001年6月將會址遷往台北市長春路一五六號六樓，並增聘謝靜綺以因應業務量的擴充。
2003年4月10日第二屆董監事聯席會成立，行政院聘殷 琪小姐、瞿海源先生、陳長文先生、淨心法師、廖嘉展先生、許文彬先生、蕭新煌先生、楊志航先生、王光賜先生、鄭深池先生、謝博生先生、徐 璐小姐、陳其南先生、黃志芳先生、郭瑤琪女士、余政憲先生、陳繼盛先生擔任董事，聘林宗男先生、黃仲生先生、胡志強先生、林賢郎先生擔任監事。並經推舉殷 琪董事擔任董事長，瞿海源董事與陳長文董事擔任副董事長。續聘謝志誠教授擔任執行長。
2004年12月2日修訂捐助暨組織章程，依行政院的指示將存立期限延長為10年，解散清算後的剩餘財產歸屬則由國庫調整為財團法人賑災基金會。
2006年8月7日第三屆董監事聯席會成立，行政院聘殷 琪小姐、陳長文先生、瞿海源先生、李逸洋先生、林萬億先生、吳豐山先生、卓榮泰先生、陳其南先生、蕭新煌先生、謝博生先生、鄭深池先生、淨心法師、許文彬先生、王光賜先生、廖嘉展先生、徐 璐小姐、陳繼盛先生擔任董事，聘聘李朝卿先生、黃仲生先生、胡志強先生、林賢郎先生、陳屬藤小姐擔任監事。並由董監事推舉殷 琪董事擔任董事長，瞿海源董事與陳長文董事擔任副董事長。續聘謝志誠教授擔任執行長。
又，鑑於重建工作階段性任務可望提前完成，經2007年8月31日第三屆第二次董監事聯席會同意，再度修訂捐助暨組織章程，將存立期間調整至2008年6月30日止。
回顧過去八年六個月，推動重建計畫共計32項。其中，屬於生活重建相關計畫有「九二一震災重建區教育仁愛救助金專案」、「九二一震災重建區桃芝颱風災害救助及安置專案」、「補助九二一震災受災國中小學校優良圖書專案」、「弱勢族群暨邊遠地區921溫馨巴士補助專案」、「九二一震災組合屋臨時社區行政管理經費補助專案」、「補助九二一震災組合屋自來水管線供水計畫」、「九二一震災災區年節溫情系列活動」、「災區及社區生活整體照顧重建五年計畫執行情形之研究」、「災區原住民老人暨身心障礙者居家服務暨營養餐飲服務計畫」、「災區及社區生活整體照顧重建計畫」、「災區受災保險對象公、勞、農、全民健康保險自付保險費補助計畫」、「受災社會福利機構重建計畫」、「鼓勵失依兒童少年成立信託基金以保護其財產與生活安全案」等12項，住宅重建相關計畫有「築巢專案—達陣方案」、「築巢專案—補助受損集合住宅辦理修繕補強方案」、「築巢專案—臨門方案」、「築巢專案—九二一災區333融資造屋方案」、「築巢專案—九二一災區家屋再造方案」、「築巢專案—協助受損集合式住宅擬定修繕補強計畫書方案（二）」、「築巢專案－協助受損集合式住宅擬定修繕補強計畫書方案」、「築巢專案—協助受災集合式住宅更新重建方案」、「提撥專款辦理震災災民重建家園信用貸款保證業務」、「補助受災地區個別建築物規劃設計費用計畫」等10項，防災、搶險與復建相關計畫有「九二一重建區鄉（鎮、市、區）公所辦公廳舍災後重建工程與設備補助計畫」、「補助民間救難團隊裝備器材暨組訓專案」、「九二一震災重建區辦理災後橋樑復建工程補助專案」、「九二一震災重建區山區道路坍塌土石清除機具（經費）補助專案」、「製作及發行『向大地震學習』錄影帶」等5項，重建規劃相關計畫有「補助原住民聚落重建調查規劃費用計畫」、「補助農村聚落重建調查規劃費用計畫」、「補助災區辦理社區重建調查規劃計畫」等3項，其他綜合型計畫有「九二一災後生活與社區重建123協力專案」、「預撥地方特殊性及急迫性計畫補助專款」等2項。如表三。
2008年8~10月將因辦理「臨門方案」及「333融資造屋方案」所衍生的債權與抵押權併同剩餘財產（不動產部分），移轉予財團法人賑災基金會，並與財團法人賑災基金會簽署「債權讓與契約」。至於剩餘財產的現金部分則分別於2008年10月30日及2009年4月30日移撥財團法人賑災基金會。臺北市長春路一五六號六樓辦公室於2008年10月30日卸牌熄燈，九二一基金會的檔案移請國立臺灣大學圖書館典藏。
九二一基金會於2009年5月向臺北地方法院聲報清算完結，走入歷史。
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