民國88年9月21日至89年5月20日，此一時期對於921重建政策包括88年11月9日行政院公布的「災後重建計畫工作綱領」，89年2月3日總統公布「921震災重建暫行條例」以及89年5月15日行政院同意備查「災後重建政策白皮書」。災後重建計畫工作綱領由行政院經濟建設委員會（以下簡稱經建會）負責，揭櫫的內容主要涵蓋重建計畫目標、基本原則、前置作業、整體重建計畫及配合措施等。計畫目標包括塑造關懷互助的新社會、建立社區營造的新意識、創造永續發展的新環境、營造防災抗震的新城鄉、發展多元化的地方產業及建設農村風貌的生活圈等6項。前置作業方面包括提升耐震設計標準、地質及災情調查、土地基本測量、禁限建地區劃設及公告、人才及災情資料庫建立等5項。至整體重建計畫主要含括公共建設、產業重建、生活重建、社區重建等4大計畫，其中對於重建的架構、各重建計畫範圍、部會分工、規劃要領、經費來源，甚至編製內容格式、編報流程及時程、計畫審議核定程序等，均有鉅細靡遺的具體規定。相關配合措施主要為制定特別法及增修現行法律、防救災體系制度強化、財源籌措、祭祀公業土地處理、地籍測量與土地複丈問題處理及人力等6項。