88年10月13日制訂
89年12月20日修訂
第一條 為妥善管理及運用九二一震災捐款，特訂定本辦法。
第二條 本會董事會掌理本會基金及經費之收支與保管事項，其業務由執行長負責監督財務組辦理，並由財務組編製年度會計報告彙送董事監事會核備。
第三條 本會之收入及支出，應開立中央銀行或金融機構專戶處理。
第四條 本會除創立基金不得動用外，其他經費之運用應編列預算並經董事會決議後嚴格控制。
第五條 本會每年孳息之收入及節餘之經費，得移作經費應用。
第六條 為使震災捐款發揮最大之用途，本會應主動依災後重建之需要，規劃重建專案並經董事會決議後執行。
第七條 為有效結合民間力量投入災後重建，本會得配合重建專案之推動，公開邀請民間機構、團體與各級政府就該重建專案所擬定之補助範疇與補助原則提出補助計畫，申請經費之補助。
前項之重建專案之補助範疇、申請方式、審議、撥款、督導、結案與稽核等相關作業要點，由本會依該重建專案之需要訂之。
前項之作業要點應併同該重建專案提送董事會核定。
第八條 受補助單位應按照本會核定之補助內容與經費確實執行，補助經費應設專戶存入當地金融機構，並分帳列管，不得與該單位其他經費及帳目相混，且不得移作其他用途。
第九條 補助計畫之經費應以本會核定之金額為限，若實際支付較核定金額為少時，以實際支付金額為準，並應將節餘款繳回本會歸帳。
第十條 受補助單位對本會補助經費之支付，僅限於補助計畫書中預算科目所列之用途，如基於實際需要，必須變更或流用原預算科目時，其流用金額超過本科目百分之十五以上者，應於變更或流用前敘明理由，並徵得本會書面同意。
第十一條 受補助單位應於工作結束兩個月內向本會提出結案報告。
結案報告之製作格式，由本會訂之。
第十二條 本會應於年度終了後編製決算報告書，提報董監事會審定。
第十三條 本會會計基礎採權責發生制，訂定會計制度，以為會計事務之處理依據。
第十四條 本辦法經董事會核定後施行，修正時亦同。