民國88年9月25日總統（88）華總一義字第8800228440號令公布緊急命令，第8項規定中央政府為維護災區秩序及迅速辦理救災、安置、重建工作，得調派國軍執行。依據國防部89年4月錦銘字第05807號函，國防部全力協助地方政府執行災後搶救工作，國軍投入大量人力執行救災，災後重建任務以災民收容安置、協力災區清理、組合屋建構及危樓拆除工作為重點；就投入兵力的數量與層級來說，堪稱國軍近年最大規模的救災行動。

        依據國防部於88年11月1日在立法院國防委員會會議所提出之「國防部震災工作要項」中提到：「……9月21日凌晨1點47分震災發生後40分鐘，國軍衡山指揮所即按危機處理程序，發布救災命令；清晨4點之後，救災部隊陸續到達災區；清晨6點，成立『救災應變指揮中心』，陸軍總部並於南投、新社、松山、新莊四個主要災區開設『救災前進指揮所』。」其次，「因應支援災後重建兵力之不足，本部年度動員計畫編有輔助軍事勤務隊，計約4萬餘人，由國民兵擔任，地方政府可依據緊急命令，循召集程序徵用。」，以我國當前狀況而言，921震災為近年來國軍最大的軍事行動。

        國軍官兵不分晝夜地投入救災行列，在苗栗、臺中、南投、彰化、雲嘉等災區同步展開，尤其是中部地區動員投入兵力與物力最多。當時參謀總長湯曜明表示，國軍支援921震災救災重建工作，共投入46萬人次協助災區重建，各救災部隊完成任務後，全面回歸戰備本務工作。國軍官兵在救災中傑出、英勇的表現，並獲得李總統登輝頒獎表彰。