災變之初，政府為快速解決此一震災發生的救災與重建問題，最早於災變次日緊急撥款新臺幣（以下同）53億元，又依緊急命令第1條規定，在民國88年下半年度與89年度辦理追加預算1,061億元，用以負擔受災戶的慰助金、緊急搶救及重建等經費；並在90年度中央政府總預算編列重建相關經費63億元，另外由中央銀行提撥1,000億元專款，作為災民重建貸款之用。政黨輪替後，依重建暫行條例修正第69條規定，編列90年度「921震災災後重建特別預算」1,000億元；分析國民黨主政時期的重建，特別強調災區迫切需要、確需由政府負擔經費為原則；追減經費以自然節餘、對政府施政無重大影響。但民進黨主政時期，則將重建完成定義重新詮釋，認為除了公共建設重建之外，有關集合式住宅之重建、災區失業者就業措施、安置受災戶用地之取得、觀光產業重建、產業復興等等皆須政府編列預算。