問題不完全在都更條例第25條之一（也不能說完全沒有問題），也不在「同時或不同時」，問題在於實施者不應該限制不同意協議合建的所有權人僅能挑選同意協議合建的所有權人挑剩下來的。
原告主張：
實施者應該依臺北市政府都市發展局96年11月28日北市都新字第09631184900號函（簡稱「都發局96年函」）：「……有關實施者依都市更新條例第25條之1以權利變換方式實施時，應以整體更新單元進行估價作業。至於選配作業，為顧及所有權人之公平性，參與協議合建者視為一選配單元，由實施者代表與其他權利變換關係人一併辦理選配作業。……」的意旨，讓更新單元內同意協議合建與反對協議合建的土地及合法建物所有權人一併辦理抽籤選配，不得分次辦理；然而，實施者不僅未依都發局的函釋內容辦理，反而僅提供極少戶別，供給未參與協議合建的原告申請分配，選配過程難謂公平，與正當法律程序不符。
台北市政府抗辯：
都發局96年函並未說明實施者與權利變換關係人「應同時」進行選配；且為顧及所有權人的公平性，保障住戶權益並維持計畫進行的穩定性，實施者（第二次）更新事業計畫及變更權利變換計畫除延續（第一次）計畫已完成選配安置的各戶位置及次序外，另行通知二名原告得就剩餘戶別申請分配，因二人逾期未提出申請，故實施者以公開抽籤方式辦理，並未牴觸都發局96年函釋。
實施者主張：
實施者曾於101年12月26日以雙掛號方式，通知二名原告辦理權利變換意願調查及分配位置申請，惟因這二人遲遲未於期限內提出分配位置申請，實施者才以公開抽籤方式辦理。故房地選配程序，合乎都市更新條例第29條第3項及權變實施辦法第11條要求的正當法律程序，二名原告自行放棄選配房地的權利，當然不得於事後再行爭執。
法官見解：
- 依據都市更新條例第31條第1項、都市更新權利變換實施辦法第11條規定，實施者於都市更新事業計畫中表明的分配方式是否使更新單元範圍內所有權利人立於平等的基礎進行選配，或者有偏厚特定權利人，而對其他權利人的選配權利加諸不當限制等情事，自應由審議會予以實質審議。
- 依都市更新條例第25條之1規定辦理的都市更新，雖多數權利人已與實施者達成合建的協議，但不同意協議合建的權利人選配更新後土地及建築物的權益仍應受保障；都發局96年函認為依都市更新條例第25條之1辦理的都市更新案件，實施者應就更新單元內同意與反對協議合建的權利人一併辦理選配，以維更新單元內所有權利人間的公平，此一解釋符合憲法保障人民財產權及居住自由的意旨，基於行政自我拘束原則，台北市政府於辦理相關案件時應予遵循。
- 根據實施者所稱的房地選配規則，參與協議合建的權利人無須辦理選配，不同意協議合建的二名原告形式上固然可以申請選配建物，但二名原告所能選擇的範圍，僅限實施者先行為同意協議合建者保留戶數以外遞少數餘戶。如此，不僅與都發局96年函所定意旨不符，且對不同意參與協議合建的權利人選配更新後建築物的權利構成不當限制，有違平等原則。
- 審議會就此一對不同意參與協議合建者顯失公平、有違平等原則的選配方式，未加予糾正即決議通過，其判斷自屬違法，而台北市政府據以准予核定實施，自非適法。
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