內政部負責全國建管法規，在921地震發生後，該部原依據民國85年2月5日訂頒「震災後建築物危險分級及其使用評估基準」作為鑑定災區住戶全倒救助及慰問金之發放標準。

        該部後於88年9月26日函頒「921大地震災區建築物危險分級評估作業規定」，依照房屋毀損情況分為「全倒（張貼紅色標誌）」及半倒（張貼黃色標誌）」，作為發給救助及慰問金之依據。惟為避免與85年之評估基準混淆，爰於9月30日以台（88）內營字第8874760號函撤銷；10月1日內政部另以台（88）內營字第8874792號函訂定「921大地震受災區建築物危險分級評估作業規定」，因行政院公共工程委員會（以下簡稱工程會）與921重建會的鑑定標準不同，致使私有房屋因涉及救助金與慰助金問題，動輒得咎，而負責公有建築的主管機關則無此問題，譬如學校建築部分，教育部於88年10月8日以台（88）總（一）字第88124925號函列舉3項原則，作為危險公有建物認定之拆除作業準則。

        有關危險建物拆除作業由工程會統籌處理，並分二階段進行：

• 第一階段危屋拆除作業實施原則：由國軍或災區地方政府自行發包拆除。
• 第二階段拆除作業：由921重建會編列預算，補助災區縣市政府進行拆除或重建的工作。