1995年1月20日的衝突，加上《環境影響評估法》已公告實施，台南縣政府決定2月23日北上經濟部工業局，邀請環保署、內政部、經濟部等單位研商東帝士石化綜合廠及燁隆精緻一貫作業鋼廠申請報編工業用地作業程序，釐清濱南案報編程序與權責；協調結果確認濱南案的環境影響評估將由中央政府審核裁定，地方政府僅須對開發業者所提工業區地籍圖等土地相關資料進行核對，其餘《可行性規劃報告》與《環境影響說明書》分別由工業局與環保署審查。
至此，確定濱南案環境影響評估的審查重心在台北，正反雙方的戰場將轉到台北。
一、程序審查 一來一往
1995年5月2日，經濟部將開發單位的《濱南工業區開發計畫環境說明書》函送環保署審查。
5月18日，環保署將程序審查結果函請開發單位釐清及補充相關資料：1.開發內容與面積總和明顯不符經濟部轉送的工業區開發編定申請案（面積為2,367公頃），應就申請編定內容、範圍與面積予以釐清。2.開發單位應依環境影響評估法第六條規定，修正「環境說明書」為「環境影響說明書」，且因本案涉及海岸開發，應依環保署海岸開發環境影響評估審查作業要點規定，補充環境敏感及特定目的區位調查表、基地水深地形圖、最近五年及最近一年實地調查的海象調查資料、輸砂量粒徑分析調查資料、土壤調查資料、一年四季的生態調查資料、水權及水利設施（含計畫用水需求及來源）等社會經濟調查資料等。
6月9日，開發單位將編製的《濱南工業區開發計畫環境影響說明書程序審查補充暨意見答覆說明》，送請台南縣政府、省政府及經濟部工業局轉環保署。
8月26日，環保署再提《濱南工業區開發計畫環境影響說明書初審書面意見》，函請開發單位儘速補正相關資料。
9月26日，開發單位再編製《濱南工業區開發計畫環境影響說明書初審書面意見答覆說明》，送請經濟部工業局轉環保署審查。
二、現場勘查 海陸對峙
1995年8月3日，環保署「環境影響評估審查委員會」委員（以下簡稱環評委員）、學者專家、相關機關及團體代表，在環保署綜計處副處長洪正中帶領下，前往七股，辦理濱南案現場會勘。
由於會勘前，贊成與反對的雙方就已經放話且展開動員，使得會勘行程瀰漫著緊張氣氛。
依照行程，會勘人員先抵達七股鄉公所聽取開發單位簡報，並接受贊成濱南案的大七股地區整體規劃與開發住民權益促進會遞送的萬人入會名冊與陳情書，簡報後，一行人即分赴十個預定會勘的地點。
當會勘人員抵達水產試驗所前的潟湖湖畔時，反對濱南案的團體動員了一百多艘船筏在海上持白布條表達反對設立高污染七輕與煉鋼廠的立場，與堤防上支持開發案的群眾形成海陸對峙的場面。
這是正反雙方第一次對峙，也是第一次面對面衝突！
三、實質審查 攻防上場
（一）七股鄉親 對峙台北街頭（1995.11.10）
1995年11月10日，環保署召開「濱南工業區開發計畫環境影響說明書專案小組第一次初審會議」，這也是濱南案移師台北進入實質審查階段的第一場審查會，正反雙方嚴陣以待，贊成的一方動員了五部遊覽車，200多位民眾一大早就集結在環保署門外，反對的一方也動員了500多位鄉親到達現場，贊成的紅布條與反對的白布條在台北街頭形成對峙，而環保署十三樓的大會議室裡也擠得滿滿的，雖然有支持的聲音，但會議記錄顯示：與會環評委員及專家學者皆認為本開發案位於台灣西海岸沙洲、潟湖、沙丘分布區，屬環境敏感地帶，開發案將使沙洲、潟湖、沙丘消失，絕非如說明書所稱影響輕微，開發單位應對整個環境生態的改變與干擾全面評估，並就替代區位與規模重新作可行性研究。
會議以「本案開發地點涉及沙丘、沙洲、海岸、淺海及潟湖，開發面積廣大，工業港闢建及產業開發，其引起之影響，非僅本工業區及本工業區之闢建及發展，並影響台灣地區整體產業發展策略、社經發展、工業區區位合理規劃及分布，以至於對七股地區及其鄰近地區甚至台南縣、南部區域計畫產生衝擊。」做成結論，並綜合下列二項共識，要求開發單位於三個月內補正資料：1.本案委員及專家學者、相關機關、團體初審意見認為應提出工業區區位替代方案資料，請開發單位以環境影響觀點，就不同工業區區位選擇及石化、煉鋼不同區位設置等方向，於本說明書內提出其替代評估資料。2.本案初審之實質審查意見計有海岸、漁業資源及漁業權、自然保育、公害、用水、海域底質及其他等問題，雖經開發單位加以簡報及說明，仍未能釐清，因此請開發單位須將初審會議中所提出之各項內容以及對委員、學者專家、相關機關、團體所提書面意見及會議中提出之意見等，正式補充納入說明書後，另由各委員及專家學者、本署等深入詳細審查後再行提出對本說明書審查意見之具體意見。
第一次初審會的結論，已經為濱南工業區開發計畫將成為區域性的、甚至是全國性的議題下了伏筆，而結論中也明確要求「開發單位應以環境影響觀點，就不同工業區區位選擇等提出替代方案」，遺憾的是，所謂的「替代方案」自始至終都只是開發計畫名稱上的標題而已。
當天的晚報與第二天的早報出現「七股鄉親對峙台北街頭」、「場內辯論場外對峙」的標題。
雖然這不是正反雙方第一次對峙，卻是七股鄉親第一次在異地「相逢」，打破環保史紀錄，是空前，但卻不是絕後。
幾年後，1999年5月底，當美濃水庫開發案預算再度送到立法院審查時，美濃當地出現贊成興建美濃水庫的組織，且跟反水庫的團體一樣走上街頭，甚至與反水庫的鄉親在台北街頭對峙！
（二）再次審查 替代方案上場（1996.1.18）
1995年11月28日，環保署召開「環境影響評估審查委員會第二十二次會議」，針對濱南工業區開發計畫決議「因開發單位已另提替代方案送審，將原案註銷」。
12月29日，開發單位將編製的《濱南工業區開發計畫環境影響說明書專案小組初審書面意見答覆說明》送交環保署審查，補正後的替代方案使用沙洲、潟湖比例降為60%，廠區面積維持2,367公頃（石化綜合廠1,331公頃，精緻一貫作業鋼廠1,036公頃），港區面積降為458公頃，總計面積降為2,825公頃，其中，使用鹽田面積為1,041公頃、沙洲潟湖面積為948公頃、海域面積為813公頃、其他為23公頃，東帝士並堅持選定在南邊區位做廠址。
表面上看來，開發單位已經針對11月10日專案小組第一次初審會議結論提出替代方案，而環保署也早先一步註銷原方案（11月28日），並續就所提替代方案（位置北移，潟湖、沙洲使用百分之六十）進行審查。但從後續審議中，環評委員與專家學者的發言，不難發現所謂的替代方案仍是「換湯不換藥」的結果。
1996月1月18日，環保署召開「濱南工業區開發計畫環境影響說明書補正資料專案小組第二次初審會議」，環評委員與專家學者的發言重點還是擺在區位評選與替代方案，因此，審查會議的結論也以區位替選的評比為主：1.區位替代部份仍請就國土利用、不同區位地點設置、工業區佔用沙洲、潟湖比例及開發面積之規模等，以環境、生態、人文社經影響等因子為主軸，對區位替選方案加以評比分析。2.計畫區位上移涉及台鹽鹽田使用，是否可以租用方式處理，請補充說明。3.各與會委員、專家學者、機關代表認為開發單位所提資料不全，答覆說明項目內容尚待充實，請開發單位納入改正。
遺憾的是，開發單位的區位替選評估，始終都是從開發的角度切入，簡單講，就是「要」定了這個地方！
（三）三度審查 重編替代方案（1996.2.6）
1996年1月31日，開發單位將編製的《濱南工業區開發計畫環境影響說明書補正資料專案小組初審會議意見答覆說明》送環保署，原則同意降低使用沙洲、潟湖面積之比例。
2月6日，環保署召開「濱南工業區開發計畫環境影響說明書補正資料專案小組第三次初審會議」，環評委員與專家學者們還是認為區位評比應納入各方面專家，客觀的進行，而不是由開發單位自行評比，建議比照Napa River的方法，籌組委員會評選替代方案。
因此，會議結論還是跟前一次差不多：1.請開發單位依本專案小組委員、學者專家及有關機關、團體意見補正資料，並重新編製替代方案之完整環境影響說明書，經目的事業機關轉送本署後，再擇期由小組委員、學者專家及有關部會進行審查。2.涉及各部會權責問題（如用水問題－經濟部水利司、水資會、自來水公司，產業關聯政策－經濟部工業局……），在程序上相關機關宜先協調並表明立場，並請開發單位再加強溝通。3.本案場址選擇替代方案評比應由委員、學者、專家來進行以保持其客觀與公正。
（四）環評大會 確認審查程序（1996.2.13）
1996年2月13日，環保署召開「環境影響評估審查委員會第二十四次會議」針對濱南工業區開發計畫專案小組審查結論與審查程序做成下列決議：1.確認前三次專案小組審查結論及審查程序：（1） 1995年11月10日專案小組審查後，原案經第二十二次環境影響評估委員會議決議註銷。（2） 1996年1月18日專案小組係對替代方案（位置北移，潟湖、沙洲使用百分之六十）進行審查。（3） 1996年2月6日專案小組係對補正資料進行審查。（4） 開發單位依1996年2月6日專案小組結論送審之文件為第二次替代方案。2.請專案小組依程序審查第二次替代方案環境影響說明書，獲致結論後提報委員會。3.委員會建議如下，作為開發單位規劃替代方案及專案小組審核之參考：（1） 除必要部分外，應儘量減少潟湖使用，並考量多使用現存鹽田，以降低對生態之衝擊。（2） 應研擬具體的潟湖、海岸保護措施，以避免生態、潟湖破壞及海岸流失。（3） 為避免產生巨大且難以回復之影響，是否需開發如此龐大的工業區，仍有斟酌餘地，請考量石化廠、專用港、大煉鋼廠分開不同區位設置或作適當切割之替代方案。（4） 應特別注意開發對鄰近特殊建築物、村落、漁港之保護工作，並對居民之影響減至最小的程度。（5） 所提說明書數據、推論其專業性及能否合乎邏輯？請再檢討修正，希望能真正面對問題答覆及處理。（6） 興建港口對潟湖影響請納入評估。（7） 海域觀測站、調查、底棲生態…等資料，應隨位置變更而更新補正。
（五）四度審查 原則同意過關（1996.4.19）
1996年2月14日，開發單位將編製的《濱南工業區替代方案環境影響說明書》送環保署審查。補正後的替代方案使用沙洲、潟湖面積的比例降為47.2%，廠區面積維持2,367公頃（石化綜合廠1,331公頃，精緻一貫作業鋼廠1,036公頃），港區面積增為542公頃，總計面積增為2,909公頃；其中，使用鹽田面積為778公頃、沙洲潟湖面積為983公頃、海域面積為1,125公頃、其他為23公頃。
4月19日，環保署召開「濱南工業區替代方案環境影響說明書專案小組第四次初審會」，雖然環評委員與專家學者大多數對本案仍有疑慮，但因有部環評委員與專家學者建議讓開發案進入第二階段環境影響評估，再仔細予以評估，因此，會議做出了讓濱南案有條件進入第二階段環境影響評估的結論：1.建議經建會及經濟部工業局在採取發展許可時，對國土及海岸之合理利用開發及保護宜有妥善規劃及引導，以維台灣之永續發展，並妥擬廿一世紀發展藍圖。2.本案建議有條件進行第二階段環境影響評估，其條件如下：（1） 工業區位或其配置請遵照八十五年二月十三日環境影響評估審查委員會之建議（3）「為避免產生巨大且難以回復之影響，是否需開發如此龐大的工業區，仍有斟酌餘地，請考量石化廠、專用港、大煉鋼廠分開不同區位設置或作適當切割之替代方案。」辦理，並對本開發區、鄰近區以生態觀點提出具體之探討及客觀評比。（2） 為保護潟湖、沙洲，開發工程或計畫應採取適當設施或技術替代方式（如專用港港口以棧橋方式替代），藉以避免潟湖、沙洲之使用。（3） 用水問題仍應進行深入確實之探討及規劃，不宜僅以節省用水等難以解決之方式替代，並應有經濟部正式確認供水需要量及時程。（4） 漁民、漁業權及涉及居民權益等社會、經濟因素應加以深入評估調查、瞭解，並提出妥善之補償及因應對策。（5） 本開發案之開發面積宜在環境容許負荷下（如考慮當地空氣污染總量之限制…等）進行規劃，並調整其適當的開發面積與規模。（6） 如有獨立電廠之設置，則應依法進行環境影響評估。（7） 有關生產方式、污染防治、海岸影響、溫排水與水之回收再利用以及生態等，仍應確實調查評估及研提對策。3.請開發單位就前述條件（2.－（1）（2）（5）（6））備妥草案配置及因應措施，供本署環境影響評估審查委員會審查參酌。
第二項結論中所列條件，一直到濱南案有條件通過環境影響評估，甚至到環境影響評估報告書定稿為止，都看不出來「條件」有消失的跡象。
看來，「有條件通過環境影響評估」真是環境影響評估機制中，進可攻、退可守的「利器」。
（六）審查過關 附帶七項條件（1996.5.6）
1996年5月4日，環境影響評估審查委員會第二十六次會議前夕，生態保育聯盟發起「請燁隆、東帝士搬家」連署活動，並召開記者會公佈連署名單，要求環保署和環評委員在審查《濱南工業區替代方案環境影響說明書》時，為台灣環境把關。
同一天（五四文藝節），包括小野、平路、劉克襄等作家也加入生態保育陣容，從人文和文化關懷的角度來關心這塊鄉土，籲請政府不要通過濱南案。
5月6日，環保署召開「環境影響評估審查委員會第二十六次會議」審查《濱南工業區替代方案環境影響說明書》，作成讓濱南案有條件繼續進行第二階段環境影響評估的結論，且附帶下列的條件與決議：1.本案有條件繼續進行第二階段環境影響評估。其條件如下：（1） 工業區位或其配置請遵照八十五年二月十三日環境影響評估審查委員會之建議（3）「為避免產生巨大且難以回復之影響，是否需開發如此龐大的工業區，仍有斟酌餘地，請考量石化廠、專用港、大煉鋼廠分開不同區位設置或作適當切割之替代方案。」辦理，並對本開發區、鄰近區以生態觀點提出具體之探討及客觀評比。（2） 為保護潟湖、沙洲，開發工程或計畫應儘量採取適當設施或技術替代方式，其開發使用潟湖、沙洲之比例，應降至百分之三十以下，且應提出具體計畫，以保護其他未使用之潟湖、沙洲。（3） 用水問題仍應進行深入確實之探討及規劃，不宜僅以節省用水等難以解決之方式替代，並應有經濟部正式確認供水需要量及時程。（4） 漁民、漁業權及涉及居民權益等社會、經濟因素應加以深入評估調查、瞭解，並提出妥善之補償及因應對策。（5） 本開發案之開發面積宜在環境容許負荷下（如考慮當地空氣污染總量之限制…等）進行規劃，並調整其適當的開發面積與規模。（6） 如有獨立電廠之設置，則應依法進行環境影響評估。（7） 有關生產方式、污染防治、海岸影響、溫排水與水之回收再利用以及生態等，仍應確實調查評估及研提對策。2.附帶決議：（1） 本開發計畫定案後，其開發區位以南至曾文溪河口間，本委員會不再接受新開發個案。並建議內政部、農委會等主管機關，依法將上述範圍劃設為保護區或野生動物棲息環境。（2） 有關「海岸法」之研訂立法及海岸地區整體規劃，建請主管機關儘速依院長指示辦理，俾使海岸開發有整體而周延之規範，以避免僅就開發個案審查而產生缺失。（3） 本案沙洲、潟湖範圍如有疑義，請專案小組認定之。
對於贊成濱南案的人來講，只要開發案沒有死，就有機會，但是對於反對濱南案的人而言，沒有辦法在第一階段把開發案擋下來，就是一種挫敗。
奇怪的是，在所有環評委員與專家學者所組成的專案小組會議中作成的「為保護潟湖、沙洲，開發工程或計畫應採取適當設施或技術替代方式（如專用港港口以棧橋方式替代），藉以避免潟湖、沙洲之使用。」結論，為何到了只有環評委員的環境影響評估審查委員會會議時，會變成「為保護潟湖、沙洲，開發工程或計畫應儘量採取適當設施或技術替代方式，其開發使用潟湖、沙洲之比例，應降至百分之三十以下，且應提出具體計畫，以保護其他未使用之潟湖、沙洲。」前者的意思是「不要使用潟湖與沙洲」，而後者是「可以使用但必須降低到百分之三十以下」，兩者差異是很大的，也怪不得大家都把箭頭指向當時主持會議的環保署長張隆盛。
看似無關的結論，卻成為後頭爭議不休的焦點。
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