重建經費龐大，總計2,123億元，其中88下半年及89年度中央預算追加預算1,061億元、90年度中央總預算62億元、90年度第一及第二期特別預算合計1,000億元。行政院主計處為使重建預算積極有效執行，特訂定「90年度921震災災後重建特別預算執行與會計事務處理應行注意事項」，規定各機關應就所屬主管業務先期規劃，擬訂具體執行計畫，在重建預算核定後一個月內，送921重建會審查，超過5,000萬元以上者並應邀請工程會參與審查；具體計畫核備後，即報請行政院先核撥核定預算數百分之三十經費，以積極執行，並應於撥款2個月內完成發包程序。
重建工程經費審查，充分考量合理需求；若個案工程因施工需要，有變更設計必要者，可在該個案工程所歸屬的計畫項下總經費額度內支應，但應報由權責機關審核；若無法在原核定經費容納者，應報由921重建會轉報行政院核辦。
921重建會另以91年2月21日重建設字第0910003685號函，訂「90年度補助臺灣省各縣市政府公有建築復建工程經費審查作業程序」，規定復建工程採書面審查，應檢具文件包括工程項目及內容、估算數量及單價、完成約百分之三十之規劃設計書圖。921重建會認為有實際需要者，實施現地勘查。
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