基於災後重建資源之有效利用，並考量補強材料和技術都比過去顯著進步下，由921基金會與921重建會合作辦理「協助受損集合住宅修繕補強計畫」，並確定「垂直分工」之合作模式，先由921基金會協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書，再由政府與民間捐款共同補助後續之實質修繕補強工程。
921基金會提出之「協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書方案」，經民國89年9月6日第1屆第5次董監事聯席會審議通過，並於89年9月16日與臺灣營建研究院簽訂委託合約，由臺灣營建研究院受理協助之申請，並籌組遴選與審查小組，協助社區甄選專業團隊及審核專業團隊擬定之修繕補強計畫書。之後再分別由921基金會及內政部提出「補助受損集合住宅辦理修繕補強方案作業要點」（90年8月31日第1屆第10次董監事聯席會通過）及「直轄市縣（市）政府辦理921震災震損集合住宅必要性公共設施修復補強工程補助及施工抽查作業要點」（內政部90年9月24日台內營字第9085505號令），由921基金會及921重建會分別補助受損集合住宅辦理「必要性公共設施修復補強工程之營建管理、監工及工程經費」之21%及49%。