為加強災區民眾之醫療照顧,減低災民之負擔,衛生署分別於民國88年10月12日、88年10月16日訂定「921地震災害各界捐助全民健康保險保險費實施方案」(衛署健保字第88057643 號)及「921地震災害受災民眾全民健康保險就醫優惠方案」(衛署健保字第88065453號),凡被保險人及其依附納保眷屬中,有任何一人因震災導致死亡、重傷或所居住之房屋發生全倒、半倒之情事,並依內政部所訂標準領有慰助金者,均由中央健康保險局核發「921震災健保卡」,並配合辦理補助受災保險對象每月應自行負擔之保險費,且享有醫療費用、部分負擔費用及住院膳食費用之優惠。90年2月20日再制定「921震災災後全民健康保險保險費補助及就醫優惠方案」(衛署健保字第0900009170號),賡續辦理就醫之優惠措施及全民健康保險自付保險費之補助,前者之優惠期限至89年9月30日止。該項補助共辦理六期,第一期保險費部分(88年10月至89年3月)由921基金會等民間捐款補助,其餘各期之就醫優惠及保險費(至93年12月)由行政院之追加預算及特別預算「921震災社區重建更新基金」補助。